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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求问为什么使用DMOL3模块优化石墨烯结构的时候没有能量曲线？
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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 求问为什么使用DMOL3模块优化石墨烯结构的时候没有能量曲线？

如题，我建石墨烯的方法是：
导入石墨结构，make p1,把上面的一层删掉，然后将下面的一层移动到中间。

Dmol3中出了计算任务选择了结构优化，其他全部采用默认设置，但是计算结构里面没有convergence和energy两个文件，不知道怎么回事？求高手解答。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼2012-04-24 18:35:54
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-04-24 20:18:40
flymice: 金币+2, ★有帮助, 谢谢。 2012-04-25 17:04:44
结果文件还没有更新吧？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2012-04-24 20:11:58
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mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-24 23:38:11
flymice: 金币+2, ★有帮助, 谢谢。 2012-04-25 17:05:31
是不是任务太大？没算动？
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3楼2012-04-24 22:01:41
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-24 20:11:58:
结果文件还没有更新吧？

已经successfully completed了。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
4楼2012-04-25 09:54:53
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengfc at 2012-04-24 22:01:41:
是不是任务太大？没算动？

算是算得动，但是就是没有那两条曲线。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2012-04-25 09:55:24
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flymice

金虫 (著名写手)
大伙都没碰到这种情况？太令人感到惊奇了。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
6楼2012-04-25 14:42:34
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YUN杰2070

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
贺仪: 金币+1, 谢谢指教！ 2012-04-25 15:56:02
flymice: 金币+2, ★有帮助, 谢谢。 2012-04-25 17:05:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by flymice at 2012-04-25 09:54:53:
已经successfully completed了。

successfully completed并不代表计算方法就是可行的，计算结果就是正确的！建议查看一下.castep的输出文件，看有没有warning！或者贴出来让大家一块讨论一下！
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不求做的最好，只求做的更好！
7楼2012-04-25 15:08:45
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by YUN杰2070 at 2012-04-25 15:08:45:
successfully completed并不代表计算方法就是可行的，计算结果就是正确的！建议查看一下.castep的输出文件，看有没有warning！或者贴出来让大家一块讨论一下！

我换了种方法成功了，建模方法在下面地址

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3191417&page=1

这是输出结果
     ===============================================================
     Materials Studio DMol^3 version 5.0
     compiled on Oct 22 2009 07:07:30
     ===============================================================

     ===============================================================
     Density Functional Theory Electronic Structure Program
     Copyright (c) 2009, Accelrys Inc. All rights reserved.
     Cite work using this program as:
     B. Delley, J. Chem. Phys. 92,  508  (1990).
     B. Delley, J. Chem. Phys. 113, 7756 (2000).
     DMol^3 is available as part of Materials Studio.
     ===============================================================


DATE:     Apr 25 16:14:15 2012

Message: License checkout of MS_dmol successful
Message: License checkout of MS_dsolid successful

Basis set is read from file:
C:\PROGRA~2\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Resources\Quantum\DMol3\BASFILE_v3.5                                                                                                                                                                    


no INCOOR file: try ZMAT
no ZMAT file: try CAR

Geometry is read from file: graphite__0_0_1___2_.car                                                                                                                                                                                                                                       

INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):
______________________________________________________________________>8

$cell vectors
              9.29745253496846    0.00000000000000    0.00000000000000
              4.64872626748423    8.05183008576271    0.00000000000000
              0.00000000000000    0.00000000000000   18.89726124993590
$coordinates
C             0.00000000000000    0.00000000000000    0.00000000000000
C             2.32436211329001    1.34197109117081    0.00000000000000
C             4.64872626748423    0.00000000000000    0.00000000000000
C             6.97308838077424    1.34197109117081    0.00000000000000
C             2.32436313374212    4.02591504229607    0.00000000000000
C             4.64872524703212    5.36788613346688    0.00000000000000
C             6.97308940122635    4.02591504229607    0.00000000000000
C             9.29745151451635    5.36788613346688    0.00000000000000
$end
______________________________________________________________________>8


N_atoms =    8     N_atom_types =  1


INPUT_DMOL keywords (for archive):
______________________________________________________________________>8

#Warning: no global confinement specs in BASFILE
                                                                                                                                    <--
# Task parameters                                                                                                                   <--
Calculate                     optimize                                                                                              <--
Opt_energy_convergence        2.0000e-005                                                                                           <--
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A                                                                                         <--
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A                                                                                         <--
Opt_iterations                50                                                                                                    <--
Opt_max_displacement          0.3000 A                                                                                              <--
Symmetry                      on                                                                                                    <--
Max_memory                    2048                                                                                                  <--
                                                                                                                                    <--
# Electronic parameters                                                                                                             <--
Spin_polarization             restricted                                                                                            <--
Charge                        0                                                                                                     <--
Basis                         dnd                                                                                                   <--
Pseudopotential               none                                                                                                  <--
Functional                    pwc                                                                                                   <--
Harris                        off                                                                                                   <--
Aux_density                   octupole                                                                                              <--
Integration_grid              medium                                                                                                <--
Occupation                    fermi                                                                                                 <--
Cutoff_Global                 3.3000 angstrom                                                                                       <--
Scf_density_convergence       1.0000e-005                                                                                           <--
Scf_charge_mixing             0.2000                                                                                                <--
Scf_iterations                50                                                                                                    <--
Scf_diis                      6 pulay                                                                                               <--
                                                                                                                                    <--
# Kpoint definition file (intervals/offset):                                                                                        <--
Kpoints                       file     5 5 2 0.0000 0.0000 0.0000                                                                   <--
graphite__0_0_1___2_.kpoints                                                                                                        
                                                                                                                                    <--
# Calculated properties                                                                                                             <--
______________________________________________________________________>8


Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
local functional PWC: Perdew Wang: Phys. Rev. B 45, 13244 (1992)


The Generation and Use of Delocalized Internal Coordinates in Geometry optimization;
Baker Kessi Delley: J. Chem. Phys., 105, 192 (1996)
Andzelm Fitzgerald King-Smith: Chem. Phys. Lett., 335, 321 (2001)

Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)
Calculation is Spin_restricted



Note: C3 point group operation found: mesh 3


Note: this cell has   4 times the volume of the primitive cell


Lattice:
translation vector [a0]    1    9.297452535    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2    4.648726267    8.051830086    0.000000000
translation vector [a0]    3    0.000000000    0.000000000   18.897261250
Cell volume         1414.677 a0^3

** GEOMETRY OPTIMIZATION IN DELOCALIZED COORDINATES **

   Searching for a Minimum

                              Input Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C             0.000000            0.000000            0.000000
            2    C             1.229999            0.710141            0.000000
            3    C             2.460000            0.000000            0.000000
            4    C             3.689999            0.710141            0.000000
            5    C             1.230000            2.130422            0.000000
            6    C             2.459999            2.840563            0.000000
            7    C             3.690000            2.130422            0.000000
            8    C             4.919999            2.840563            0.000000
          ----------------------------------------------------------------------


Crystal symmetry:  full hexagonal group                             
  with inversion symmetry  

Crystal symmetry:  full hexagonal group                             
  with inversion symmetry  
Message: Generating delocalized internals
  
  MDF file does not exist.
  Generating automatic internal coordinates.

*** OPTIMIZATION USES DELOCALIZED INTERNALS ***

The preliminary size of active space is :      21
There are :           21  degrees of freedom
There are likely:     84  primitive internals

Message: Generation of delocalized internals is successful
Carbon       nbas=  1, z=   6, nrfn=  7, rcut=  6.24, e_ref= -0.055391 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   6.00   6.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=      -9.911120Ha      -269.6954eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.477695Ha       -12.9988eV
   n=2  L=1  occ= 2.00 e=      -0.172177Ha        -4.6852eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -1.475201Ha       -40.1423eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.169933Ha       -31.8355eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722144Ha       -74.0733eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.385417Ha       -37.6991eV  eliminated

Kpoints mesh:   5   5   2    0  0  0    0  1      50

Parameters for generating k-points:   5   5   2        0.00      0.00      0.00  50
Total number of symmetry-unique k points:       5
Total number of symmetry-unique tetrahedra:      15


Symmetry orbitals C1                           
    n  norb    representation
    1   112        a   
  total number of valence orbitals:    112

cell charge=              0.000000   active electron number      48.0
(without charge=              48.0 )


Integration in 3d (fixed mesh): ipa=    6  f3= T
npri,iomax,iomin, thres,  rmaxp,    sp
   0    6    1   0.00010   10.00    1.00
Integration points, checksum     42488      48.001371

real array elements, matrices vectors etc:      11.2 MB
integer arrays                           :       0.8 MB
min recommended for all-incl workspace   :      13.4 MB
Total memory allocated for arrays         :      26.2 MB


            Total Energy           Binding E       Cnvgnce     Time   Iter
Ef         -302.476521Ha        -2.7553370Ha      1.50E-01     0.0m      1
Ef         -302.407964Ha        -2.6867798Ha      1.13E-01     0.0m      2
Ef         -302.342766Ha        -2.6215822Ha      2.55E-02     0.0m      3
Ef         -302.340753Ha        -2.6195693Ha      4.74E-03     0.0m      4
Ef         -302.340481Ha        -2.6192970Ha      7.54E-04     0.0m      5
Ef         -302.340444Ha        -2.6192598Ha      1.02E-05     0.0m      6
Ef         -302.340443Ha        -2.6192595Ha      9.62E-06     0.0m      7
Message: SCF converged


Fermi Energy   -0.170628 Ha    -4.643 eV

within the k-points mesh accuracy this solid is an insulator or semiconductor
DFT energy gap:      2.06 eV   direct
valence band edge at     0.600  0.400  0.250  in fractional units of recip
conduction band edge at  0.600  0.400  0.250

df              ATOMIC  COORDINATES (au)                  DERIVATIVES (au)
df            x          y          z            x          y          z
df    C     0.000000   0.000000   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C     2.324362   1.341971   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C     4.648726   0.000000   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C    -2.324364   1.341971   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C     2.324363   4.025915   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C    -0.000001  -2.683944   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C     6.973089   4.025915   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df    C    -4.648727  -2.683944   0.000000     0.000000   0.000000   0.000000
df  binding energy      -2.6192595Ha       -71.27371eV       -1643.643kcal/mol


            Total Energy           Binding E                   Time   Iter
Ef         -302.340443Ha        -2.6192595Ha                   0.0m      8

Energy components:
   Sum of atomic energies =     -299.7211839Ha
                  Kinetic =       -4.5243759Ha
            Electrostatic =        0.6068696Ha
     Exchange-correlation =        0.8551185Ha
        Spin polarization =        0.4431283Ha

** GEOMETRY OPTIMIZATION IN DELOCALIZED COORDINATES **

   Searching for a Minimum

                              Input Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C             0.000000            0.000000            0.000000
            2    C             1.229999            0.710141            0.000000
            3    C             2.460000            0.000000            0.000000
            4    C             3.689999            0.710141            0.000000
            5    C             1.230000            2.130422            0.000000
            6    C             2.459999            2.840563            0.000000
            7    C             3.690000            2.130422            0.000000
            8    C             4.919999            2.840563            0.000000
          ----------------------------------------------------------------------

Message: Gradients are very small. RMS cartesian gradient:    0.3E-07
Message: Geometry is converged

+++ Entering Properties Section +++


Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful

Message: DMol3 job finished successfully

time all done       0.00m        0.02s

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 0 min 21 sec.


下面是结构图
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2012-04-25 16:28:02
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qi-cheng

铜虫 (小有名气)
要计算频率才会有convergence和energy曲线，若是不计算频率，就算有这两个文件，也没有曲线。
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9楼2012-05-27 15:03:31
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来去无风6988

木虫 (著名写手)
你根本没有结构优化，何来能量曲线。你应该选Geometry optimization.
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兄弟，求你少在网上灌水吧！你书都看了吗？都看懂了吗？题都会做吗？文献呢？老板安排的任务完成了？找到女朋友了？没有，你还在这上网！！！！！！
10楼2012-05-29 15:41:32
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