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cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
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[求助]
跑第一性原理分子动力学用配多大的计算硬件？
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以前是做第一性原理结构优化和静态性质计算，一般100核以内就可以基本满足要求。 现在想关第一性原理分子动力学（BOMD&CPMD）。希望给个概念： （1）第一性原理分子动力学现在一般（非做方法，只是应用）跑多少个原子的体系； （2）就上海超算中心的配置来讲，需要租用多少个核。 |
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fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-24 12:42:28
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fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-24 12:42:28
| 这取决于你做多大的体系，然后再取决于你研究什么性质。如果你只是研究常温或者熔化温度左右的温度，且体系也在100个原子左右，那你之前的机器也够用了。但是，ABMD需要的时间很长，一般至少几天以上。所以，如果你要同时跑很多作业，那就得多要节点了。我通常做凝聚态范围内的MD的话，一百个原子左右，且不包含稀有金属等电子很多的体系，我每个左右32-64个节点足够。有些大的体系，且计算时间要很长的体系，需要128-256个核。所以，你自己可以估量一下。 |
2楼2012-04-24 12:23:13
goldenfisher
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