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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 我在跑胶时的DNA片段大小为什么与测序后的相差很大呢？？？求大侠指导！
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三吉草

铜虫 (小有名气)

[求助] 我在跑胶时的DNA片段大小为什么与测序后的相差很大呢？？？求大侠指导！

我在做一种真菌rDNA-ITS序列的测定，跑胶时DNA片段大小大概有600bp以上，可测序之后仅有523bp，不知是什么原因差别如此大？求原因！！！！
注：跑胶时胶板有些浮起来的现象，别的无异常。测序用的ITS1和ITS4双向测序！
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1楼 2012-04-22 12:58:00
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三吉草

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by damaomao at 2012-04-24 11:00:25:
凝胶只是起到辅助的作用，当初我们跑胶的时候也是这样。而且侧学公司在侧学的时候也不是从第一个碱基开始测多多少少总是有一点误差。但总的来说测序是比较可靠地

谢谢你哈！
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13楼2012-04-25 10:24:47
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励应助！ 2012-04-22 19:11:04
三吉草: 金币+2, 嘿嘿，同样谢谢你呢 2012-04-23 15:18:28
嗯.................
虽然没有做过你这个，但觉得很正常哦，跑胶分子量不对但测序正常的事情太常见了哦，测序是最终也是最可靠地手段哦，跑胶说明不了什么问题滴...............
个人看法，若有说错请高手指点哦
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Let God do with it as He wills
2楼2012-04-22 13:07:56
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freerain

禁虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
三吉草: 金币+5, ★有帮助, 谢谢你！ 2012-04-23 15:17:46
本帖内容被屏蔽
4楼2012-04-22 14:42:08
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三吉草

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by freerain at 2012-04-22 14:42:08:
跑胶时DNA片段大小是估测值，应该以测序为准
测序结果中能读到引物序列就没有问题了

哦，我总以为应该差别不太大，差了100bp呢，我想应该分析一下原因，毕竟跟我一起做的同学，她的跑胶结果和测序的结果很接近啊，郁闷！！！
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5楼2012-04-22 17:01:52
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