如何分析溶质在溶液中的构型分布情况 - 分子模拟 - Gromacs/Amber/NAMD

childsliu

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-27 12:22:55

用VMD中的measure命令测二面角，然后做分布。

下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。

2楼2012-04-27 11:30:41

liudiwen

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3楼2012-04-27 18:12:28

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引用回帖:

3楼: Originally posted by liudiwen at 2012-04-27 18:12:28:
分子中两个二面角的数据都提取出来，现在要把相同的两个二面角个数统计出来，在模拟的过程中产生50万个瞬时构型，现在有什么简单的方法可以快速统计出来

这么多构型，你要用手一个一个统计肯定是不现实的，用程序可以做到。

生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`

4楼2012-04-28 08:32:17

liudiwen

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5楼2012-04-28 08:44:17

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zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-04-28 09:47:09

我之前用fortran 编过一个程序，就是统计计算气体分子在溶剂（ZIF骨架）里的距离分布，然后用origin作图，你这个角度分布虽然和我之前的不大一样，但是从程序上来说，判断统计原理是一样的。不过你研究的，我不大清楚，只有我清楚的明白你做的是什么，想要得到什么的结果，才能搞定这个程序

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6楼2012-04-28 09:25:13

liudiwen

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7楼2012-04-28 10:56:37

liudiwen

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8楼2012-04-28 11:00:18

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这些二面角的数据你都得到了吗
-180 180
-180 179
-180 176
-180 179

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9楼2012-04-28 11:12:42

liudiwen

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10楼2012-04-28 11:15:14