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xiuhui木虫 (正式写手)
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请问minimizer 后一定要收敛吗？
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Minimize: No convergence after 5000 iterations。 不收敛对后面跑动力学有什么影响吗？收敛与不收敛有什么区别吗？ |
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2楼2012-04-18 09:08:37
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zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-04-18 19:39:35
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你应该在问题里面说明是什么软件做的，我默认是用ms做的 mini是用简单的分子力场做能量最小化，算法是用最速下降或共轭梯度，目的是为了做一下初始的结构优化，避免后续的动力学因为结构不合理而出错。在这个过程中不涉及动力学的东西，也就是说没有算速度，加速度等等，只是单纯的根据力场求系统的总的势能。 所以做好min的目的是为了得到好的初始结构，这一步没做好，说明你的势场选择的有点问题，或者给定的初始结构有问题 理论上来说不会影响后续的计算，但是初始结构不好，很容易出错 |
5楼2012-04-18 10:52:01
xiuhui
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6楼2012-04-18 16:58:09
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