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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用Trinity进行de novo拼装
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)

[交流] 用Trinity进行de novo拼装

最近在公司做了转录组测序，植物样本，illumina Hiseq2000，三个样本共100M的clean reads，一起拼接。该公司用Trinity软件进行de novo拼接，拼出来contigs达40多万条，后来又用CD-HIT进行聚类，结果仍有30多万条，其中包含很多转录本的存在。从文献中看一般植物转录组de novo拼接也就几万条序列，太多的转录本会影响到后面表达量的比较。不知道是由于Trinity这个拼接软件的原因还是其他什么原因。
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1楼2012-04-11 16:40:10
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-16 09:56:13:
cd-hit的确是比较保守的，但是cap3没用过，刚看了一下介绍，是个Assembly tool，怀疑不会对你有什么大的帮助

我看华大的数据都是用de novo拼好以后再用CAP3进行比对得到consensus。哎，具体的原理和差异我都不懂。公司应该也是不愿意再给我用cap3做一次的了。
主要是得到的contig太多了，怀疑这样的数据的可靠性，尤其是后面还要依据该数据对三个样本的基因表达量进行比较。不知道这样往下做会不会都白做了。
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14楼2012-04-16 15:54:43
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？
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2楼2012-04-11 16:50:53
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-11 16:50:53:
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？

不知道呢，可能很大，有90多条染色体。
选取的contig为200bp以上，N50为558
不知道是不是和多倍体重复基因有关系
第一次发金币，发出去了吗？
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3楼2012-04-11 16:57:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
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zhaohq1209: 金币+4, 学习了~欢迎继续交流哈 2012-04-13 11:28:17
我个人感觉是你的测序深度太小，而不是软件的问题，即便把其他的拼接软件都用一遍，也不会有什么明显改善。
如果你想把contig尽量拼好一点，进行项目的时候就应该和公司讨论好。才100M的reads，不够的。看看文献上的测序量有多少？
不过转录组本来也不要求拼长，直接去比对也可以的。你如果是觉得contig太多，就过滤一下吧，比如，选400bp以上的？
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4楼2012-04-12 08:26:10
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