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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用Trinity进行de novo拼装
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)

[交流] 用Trinity进行de novo拼装

最近在公司做了转录组测序，植物样本，illumina Hiseq2000，三个样本共100M的clean reads，一起拼接。该公司用Trinity软件进行de novo拼接，拼出来contigs达40多万条，后来又用CD-HIT进行聚类，结果仍有30多万条，其中包含很多转录本的存在。从文献中看一般植物转录组de novo拼接也就几万条序列，太多的转录本会影响到后面表达量的比较。不知道是由于Trinity这个拼接软件的原因还是其他什么原因。
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1楼2012-04-11 16:40:10
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-04-13 09:38:17:
我看到你的测序结果后感到很奇怪，有几个问题想问你：
（1）你的三个样本的reads长度是多少啊？如果reads太短，也会导致拼接的结果变化。还有就是你用哪种方式建库，single-end，mated-paired 和 paired-end？一 ...

好多问题我自己都不确定啊，等我问问公司先。
还有一个问题是，第一次给我结果的时候拼接出来的contig共40多万条，里面有很多的相似序列，我就让他们做做聚类，结果公司用了CD-HIT做的，分别做了95,90,85和80的相似度，90的做下来也还有30多万条。我看很多文献里是用的CAP3，这个软件是不是会好一点啊。
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11楼2012-04-16 09:18:26
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？
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2楼2012-04-11 16:50:53
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七八月的阳光

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-11 16:50:53:
植物的基因组多大呢？
contig的N50有多少？

不知道呢，可能很大，有90多条染色体。
选取的contig为200bp以上，N50为558
不知道是不是和多倍体重复基因有关系
第一次发金币，发出去了吗？
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3楼2012-04-11 16:57:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhaohq1209: 金币+4, 学习了~欢迎继续交流哈 2012-04-13 11:28:17
我个人感觉是你的测序深度太小，而不是软件的问题，即便把其他的拼接软件都用一遍，也不会有什么明显改善。
如果你想把contig尽量拼好一点，进行项目的时候就应该和公司讨论好。才100M的reads，不够的。看看文献上的测序量有多少？
不过转录组本来也不要求拼长，直接去比对也可以的。你如果是觉得contig太多，就过滤一下吧，比如，选400bp以上的？
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4楼2012-04-12 08:26:10
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