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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PBI121载体转化拟南芥，Tail-PCR扩增整合位点侧翼序列，为何只扩增得到载体部分序列？
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虫子火箭兵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by dfm1987 at 2012-04-14 10:20:27
谢谢！但是我扩增的方向好像没有错，是往RB区域以外扩增的，但是得到1000bp左右的RB上游载体序列，没有得到植株基因组的序列...

我目前也遇到了同样的问题，第三轮特异条带大概是3kb,但是没有植物基因组的信息，都是载体信息，也是RB外侧基因，有些文献报道可能是骨架确实是插入到植物染色体中，可以根据已知的序列继续设计引物TAIL，
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11楼2013-05-10 11:17:21
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qin.xiaoyue

铁虫 (初入文坛)
我用的是pPZPY122载体，也是遇到相同的情况，从RB向外设计的引物，测序得到的结果却是RB上游的结果。同求高人指点。
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12楼2014-01-10 14:38:42
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hnsdtlf

新虫 (初入文坛)
我现在也在做PB121的插入位点侧翼序列分析，困惑的是我现在无法确认RB与LB的序列，因此也不能设计特异引物，可不可以告诉我两侧的侧翼序列？急求
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13楼2014-03-20 11:01:54
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hnsdtlf

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

求助PB121的两侧LB与RB序列
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14楼2014-03-20 11:10:19
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0405lanfeng

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lzh860801 at 2012-04-10 17:10:04
lz你的情况和我很相似啊
我是设计的LB的引物 然后调到了载体内部去了
序列比对的时候发现NCBI上面PBI121这个载体有几个修改过的 它们的LB RB是反的 所以我目前把引物反过来设计准备重新调了

有结果了吗？我也是 扩出来的都是载体序列

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15楼2014-03-20 13:25:28
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本田透1990

金虫 (小有名气)
我现在遇到了和你相同的问题，怀疑不止一个T-DNA插入，楼主你的问题解决了吗
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16楼2014-07-27 22:07:32
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夜卧听风吹雨

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 虫子火箭兵 at 2013-05-10 11:17:21
我目前也遇到了同样的问题，第三轮特异条带大概是3kb,但是没有植物基因组的信息，都是载体信息，也是RB外侧基因，有些文献报道可能是骨架确实是插入到植物染色体中，可以根据已知的序列继续设计引物TAIL，...

你好，请问你后来问题解决了吗？我现在也遇到这个问题，是载体骨架也插入到植物基因组中去了吗？

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17楼2017-11-26 11:01:19
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