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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 引物设计
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

[交流] 引物设计

最近在做菌株鉴定16SrDNA引物的设计，想问一下各位大虫们，这个通用引物和鉴定特定菌株的16SrDNA引物有何区别呢？比如说，我想进行大肠杆菌16SrDNA引物PCR鉴定，在NCBI上怎样设计呢？具体步骤呢？谢谢！
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chenglong_li

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1楼 2012-04-01 10:18:20
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gaolijuan913

银虫 (小有名气)
★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenglong_li at 2012-04-02 09:52:02:
核酸包括DNA、RNA，其中RNA又可以分为tRNA、mRNA、rRNA。
原核生物有三种rRNA：23S、16S、5S，楼主说的应是16SrRNA引物的设计吧？

很明显就是16SrRNA引物的设计嘛，呵呵，除了16SrRNA引物的设计还可以用其他的做菌种鉴定吗？
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6楼2012-04-02 17:14:01
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gaolijuan913

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by YJD落叶梧桐 at 2012-04-05 20:29:27:
想问问楼主通用引物怎么得来的啊

就是通用细菌的通用引物，1429R,8F
指导老师给的，后来测序才知道测序公司公司都有
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15楼2012-04-05 22:34:22
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by YJD落叶梧桐 at 2012-04-05 20:29:27:
想问问楼主通用引物怎么得来的啊

在网上查查 也可以的得到通用引物的
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16楼2012-04-06 15:29:20
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普通回帖

neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
飘过
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2楼2012-04-01 17:25:08
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chenglong_li

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
zhang8826857: 金币+1, gl 2012-04-04 10:06:08
核酸包括DNA、RNA，其中RNA又可以分为tRNA、mRNA、rRNA。
原核生物有三种rRNA：23S、16S、5S，楼主说的应是16SrRNA引物的设计吧？
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3楼2012-04-02 09:52:02
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chenglong_li

铁杆木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
但是说到PCR用于鉴定我还不太清楚，不好意思。
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4楼2012-04-02 09:54:28
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chenglong_li at 2012-04-02 09:54:28:
但是说到PCR用于鉴定我还不太清楚，不好意思。

我就是想知道16SrDna设计步骤？在Ncbi具体过程？
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5楼2012-04-02 10:39:04
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gaolijuan913

银虫 (小有名气)
有点矛盾哦   你都知道是大肠杆菌了  还做什么菌种鉴定呢？
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7楼2012-04-02 17:15:36
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gaolijuan913

银虫 (小有名气)
★
zhang8826857: 金币+1, gl 2012-04-04 10:06:18
通用引物可以把你想要的绝大多数的序列P出来，这些引物大多测序公司都有，当然这样的话范围也广喽，不同的引物只是P下来的片段大小不一样而已，不知我这么说你懂没？
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8楼2012-04-02 17:19:33
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gaolijuan913 at 2012-04-02 17:15:36:
有点矛盾哦   你都知道是大肠杆菌了  还做什么菌种鉴定呢？

我用大肠杆菌只是举例说明，意思说如果我不知道这个菌是什么？怎样用Ncbi设计16SrDna引物进行鉴定？
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9楼2012-04-03 21:56:51
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gaolijuan913 at 2012-04-02 17:19:33:
通用引物可以把你想要的绝大多数的序列P出来，这些引物大多测序公司都有，当然这样的话范围也广喽，不同的引物只是P下来的片段大小不一样而已，不知我这么说你懂没？

如果这样是通用引物的话，那用16SrDna引物鉴定菌株，着两者有什么不同呢？谢了！
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10楼2012-04-03 21:58:33
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gaolijuan913

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-04-03 21:58:33:
如果这样是通用引物的话，那用16SrDna引物鉴定菌株，着两者有什么不同呢？谢了！

通用引物就可以把16SrDna p出来呀
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11楼2012-04-05 00:11:16
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by gaolijuan913 at 2012-04-05 00:11:16:
通用引物就可以把16SrDna p出来呀

通用引物是把16SrDna p出来？但菌种不同的话，批出来的条带也不一样吧？
就没有特异性的单种菌株的16SrDna引物鉴定步骤吗？
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12楼2012-04-05 09:23:56
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低调的夙愿

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
scelab: 金币+5, 榧撳姳鏂拌櫕锛岃阿璋氦娴?鍝 2012-04-05 19:37:41
内容已删除
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13楼2012-04-05 19:21:54
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YJD落叶梧桐

新虫 (小有名气)
★
刁寒冰(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
8楼: Originally posted by gaolijuan913 at 2012-04-02 17:19:33:
通用引物可以把你想要的绝大多数的序列P出来，这些引物大多测序公司都有，当然这样的话范围也广喽，不同的引物只是P下来的片段大小不一样而已，不知我这么说你懂没？

想问问楼主通用引物怎么得来的啊
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14楼2012-04-05 20:29:27
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dilelton

金虫 (正式写手)

飘过~
来学习的！
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17楼2012-04-09 16:21:18
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刁寒冰18楼
2012-04-10 09:56   回复  
引用回帖:
17楼: Originally posted by dilelton at 2012-04-09 16:21:18: 飘过~ 来学习的！

刁寒冰19楼
2012-04-10 09:57   回复  
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17楼: Originally posted by dilelton at 2012-04-09 16:21:18: 飘过~ 来学习的！

刁寒冰20楼
2012-04-10 09:57   回复  
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17楼: Originally posted by dilelton at 2012-04-09 16:21:18: 飘过~ 来学习的！

[ Last edited by 刁寒冰 on 2012-4-10 at 10:00 ]
zdx51621楼
2012-04-10 10:20   回复  
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