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木虫 (小有名气)

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[求助] oniom 分层

大家好，我想问一下关于oniom计算的几个问题，麻烦大家不吝赐教！
（1）我想用oniom计算小分子与残基的作用，结果小分子与蛋白质有共价键，这个共价键在分层的时候一般要怎么处理呢？可以和残基的一样让GV用氢饱和吗？
（2）还有，看那件manual上说，当两层之间有静电作用时，最好用电荷嵌入，想问一下这个两层只见那怎么才算有静电作用呢？即在什么情况下用电和嵌入呢？
（3）还有，我的一个体系中含有金属钙，而且有共价键，我看了一下amber力场的数据库里只有他的力常数和范德华半径，google了一下，也没有找到，请问大家谁有钙在AMBER力场中的相关参数吗？

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1楼 2012-03-31 14:27:10

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