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不喜欢豆芽木虫 (小有名气)
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oniom 分层
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大家好,我想问一下关于oniom计算的几个问题,麻烦大家不吝赐教! (1)我想用oniom计算小分子与残基的作用,结果小分子与蛋白质有共价键,这个共价键在分层的时候一般要怎么处理呢?可以和残基的一样让GV用氢饱和吗? (2)还有,看那件manual上说,当两层之间有静电作用时,最好用电荷嵌入,想问一下这个两层只见那怎么才算有静电作用呢?即在什么情况下用电和嵌入呢? (3)还有,我的一个体系中含有金属钙,而且有共价键,我看了一下amber力场的数据库里只有他的力常数和范德华半径,google了一下,也没有找到,请问大家谁有钙在AMBER力场中的相关参数吗? |
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