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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 加入溶剂化模型后ΔG变化太大
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beipiao616

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by hlq3175 at 2012-03-16 23:16:36:
Cavitation energy               
Dispersion energy                     
Repulsion energy                        
Total non electrostatic                  这几项的和，才是溶剂化自由能吧？

是吗？那样得出的结果很小啊！
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荆棘鸟
11楼2012-03-17 17:13:14
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hlq3175

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-17 17:13:14:
是吗？那样得出的结果很小啊！

他们的单位都是kcal/mol，结果够大了吧，我看的文献上有那样说的。
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12楼2012-03-17 21:08:06
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beipiao616

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by chunhui201 at 2012-03-17 02:51:00:
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583949
这个其实是E, 不是G，你要和气相下的E比较，不能和气相下的G比较，Gsol=Ggas+(Esol-Egas)

我还是觉得你说的好像不对，Total free energy 不就是总自由能吗？
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荆棘鸟
13楼2012-03-22 10:39:38
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chunhui201

银虫 (小有名气)
不好意思，刚看到你的回帖，
Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
Ggas,Egas就不说了，Esol 就是g03情况下 PCM 计算中Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583949 此项
如果用g09计算， SMD 模型直接就包含了all non electrostatic terms 校正，你直接用得到的SCF能量就是Esol
Gsol，用气相下的Ggas校正 ，Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
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14楼2012-03-26 23:21:04
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beipiao616

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by chunhui201 at 2012-03-26 23:21:04:
不好意思，刚看到你的回帖，
Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
Ggas,Egas就不说了，Esol 就是g03情况下 PCM 计算中Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583 ...

有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j，里面的那个公式2，3推算出的计算式差不多跟您说的符合，但是作者不认为他是E或G，而是认为他是（(Esoln+Gnes)）之和。麻烦请问一下您的这种算法出于那些文献呢？十分感谢！
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荆棘鸟
15楼2012-03-27 10:52:13
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 10:52:13:
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j，里面的那个公式2，3推算出的计算式差不多跟您说的符合，但是作者不认为他是E或G，而是认为 ...

期待高手解答下溶剂化模型的输入及能量怎么看
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
16楼2012-03-31 10:26:09
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 10:52:13:
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j，里面的那个公式2，3推算出的计算式差不多跟您说的符合，但是作者不认为他是E或G，而是认为 ...

这篇文章作者说计算溶剂化自由能是要用方程4吗，有点晦涩没看懂
麻烦解答下
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
17楼2012-03-31 13:42:22
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kathy2008

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 11:52:13
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j，里面的那个公式2，3推算出的计算式差不多跟您说的符合，但是作者不认为他是E或G，而是认为他 ...

请问这文献中公式4最后那一项，也就是thermal correction to the free energy of the solute in the gas phase是怎么确定呢？谢谢。
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18楼2012-05-31 14:30:05
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据我的经验，对于含氢转移（包括C-H氧化加成）的过渡态在计算溶剂化能的时候是有可能收到溶剂半径的影响的，以至于出现很夸张的结果。你换一个溶剂半径试试看，uahf,uaks,bondi等等,或者直接用g09的smd溶剂模型，不用另外指定半径了。
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19楼2012-06-01 10:34:22
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zhongrl898

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据统计热力学的知识，自由度的增加会使熵增加，同时会影响自由能。溶剂化效应自然增加了体系的自由度，所以自由能用溶剂化计算似乎没有意义。纯属个人观点，请参考
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20楼2012-06-01 20:51:31
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