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beipiao616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hlq3175 at 2012-03-16 23:16:36:
Cavitation energy               
Dispersion energy                     
Repulsion energy                        
Total non electrostatic                  这几项的和,才是溶剂化自由能吧?

是吗?那样得出的结果很小啊!
荆棘鸟
11楼2012-03-17 17:13:14
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hlq3175

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-17 17:13:14:
是吗?那样得出的结果很小啊!

他们的单位都是kcal/mol,结果够大了吧,我看的文献上有那样说的。
12楼2012-03-17 21:08:06
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beipiao616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by chunhui201 at 2012-03-17 02:51:00:
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583949
这个其实是E, 不是G,你要和气相下的E比较,不能和气相下的G比较,Gsol=Ggas+(Esol-Egas)

我还是觉得你说的好像不对,Total free energy 不就是总自由能吗?
荆棘鸟
13楼2012-03-22 10:39:38
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chunhui201

银虫 (小有名气)

不好意思,刚看到你的回帖,
Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
Ggas,Egas就不说了,Esol 就是g03情况下 PCM 计算中Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583949 此项
如果用g09计算, SMD 模型直接就包含了all non electrostatic terms 校正,你直接用得到的SCF能量就是Esol
Gsol,用气相下的Ggas校正 ,Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
14楼2012-03-26 23:21:04
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beipiao616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by chunhui201 at 2012-03-26 23:21:04:
不好意思,刚看到你的回帖,
Gsol=Ggas+(Esol-Egas)
Ggas,Egas就不说了,Esol 就是g03情况下 PCM 计算中Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =   -4075.583 ...

有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j,里面的那个公式2,3推算出的计算式差不多跟您说的符合,但是作者不认为他是E或G,而是认为他是((Esoln+Gnes))之和。麻烦请问一下您的这种算法出于那些文献呢?十分感谢!
荆棘鸟
15楼2012-03-27 10:52:13
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 10:52:13:
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j,里面的那个公式2,3推算出的计算式差不多跟您说的符合,但是作者不认为他是E或G,而是认为 ...

期待高手解答下溶剂化模型的输入及能量怎么看
有种相遇叫缘分;有种责任叫承诺;有份心情叫思念;有种痛苦叫煎熬;有种后悔叫错过;有种等待叫守候。
16楼2012-03-31 10:26:09
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 10:52:13:
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j,里面的那个公式2,3推算出的计算式差不多跟您说的符合,但是作者不认为他是E或G,而是认为 ...

这篇文章作者说计算溶剂化自由能是要用方程4吗,有点晦涩没看懂
麻烦解答下
有种相遇叫缘分;有种责任叫承诺;有份心情叫思念;有种痛苦叫煎熬;有种后悔叫错过;有种等待叫守候。
17楼2012-03-31 13:42:22
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kathy2008

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by beipiao616 at 2012-03-27 11:52:13
有一位虫友给我介绍了一篇文章Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models dx.doi.org/10.1021/jp107136j,里面的那个公式2,3推算出的计算式差不多跟您说的符合,但是作者不认为他是E或G,而是认为他 ...

请问这文献中公式4最后那一项,也就是thermal correction to the free energy of the solute in the gas phase是怎么确定呢?谢谢。
18楼2012-05-31 14:30:05
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据我的经验,对于含氢转移(包括C-H氧化加成)的过渡态在计算溶剂化能的时候是有可能收到溶剂半径的影响的,以至于出现很夸张的结果。你换一个溶剂半径试试看,uahf,uaks,bondi等等,或者直接用g09的smd溶剂模型,不用另外指定半径了。
19楼2012-06-01 10:34:22
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zhongrl898

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据统计热力学的知识,自由度的增加会使熵增加,同时会影响自由能。溶剂化效应自然增加了体系的自由度,所以自由能用溶剂化计算似乎没有意义。纯属个人观点,请参考
20楼2012-06-01 20:51:31
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