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Contents Preface. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii 1 Filter-Binding Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 Peter G. Stockley 2 Electrophoretic Mobility Shift Assays for the Analysis of DNA–Protein Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 Manon Gaudreault, Marie-Eve Gingras, Maryse Lessard, Steeve Leclerc, and Sylvain L. Guérin 3 DNase I Footprinting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 Benoît Leblanc and Tom Moss 4 Exonuclease III Footprinting on Immobilized DNA Templates . . . . . . . . . . . . . . 49 Patrizia Spitalny and Michael Thomm 5 Hydroxyl Radical Footprinting of Protein–DNA Complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 Indu Jagannathan and Jeffrey J. Hayes 6 The Use of Diethyl Pyrocarbonate and Potassium Permanganate as Probes for Strand Separation and Structural Distortions in DNA . . . . . . . . . . . 73 Brenda F. Kahl and Marvin R. Paule 7 Uranyl Photofootprinting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 Peter E. Nielsen 8 Identification of Protein/DNA Contacts with Dimethyl Sulfate: Methylation Protection and Methylation Interference . . . . . . . . . . . . . . . 97 Peter E. Shaw and A. Francis Stewart 9 Ethylation Interference Footprinting of DNA–Protein Complexes . . . . . . . . . . . . 105 Iain W. Manfield and Peter G. Stockley 10 Site-Directed Cleavage of DNA by Protein–Fe(II) EDTA Conjugates Within Model Chromatin Complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 David R. Chafin and Jeffrey J. Hayes 11 Identification of Nucleic Acid High-Affinity Binding Sequences of Proteins by SELEX. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 Philippe Bouvet 12 Identification of Sequence-Specific DNA-Binding Proteins by Southwestern Blotting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151 Simon Labbé, Jean-François Harrisson, and Carl Séguin 13 Footprinting DNA–Protein Interactions in Native Polyacrylamide Gels by Chemical Nucleolytic Activity of 1,10-Phenanthroline–Copper. . . . . . . . . 163 Athanasios G. Papavassiliou 14 Determination of a Transcription Factor-Binding Site by Nuclease Protection Footprinting onto Southwestern Blots . . . . . . . . . . . . . . . 201 Athanasios G. Papavassiliou ix  |
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