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关于GMX中带基底以及溶剂转换问题
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本人想尝试在GMX中运行带基底以及蛋白的体系，而且为快速平衡蛋白行为，因此选用隐式溶剂作为快速平衡条件。这里我们暂称隐式溶剂体系为体系一，显式为体系二。 但动力学平衡之后又须加入显示溶剂使结果更为可靠，因此需要在体系一平衡之后再灌入水分子。此时又需要最小化，而在GMX中运行带基底的最小化是会崩溃的，因此我在操作时都是先将其去掉，这就意味着，两种溶剂转换我需要两次去基底。个人觉得这样操作甚为繁琐。 因此求助各位大侠有无更为简单的方法，或者更有效的办法来推翻必须使用两种体系串着跑的笨鸟方案。脑袋短路，十分苦恼。 |
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