| 查看: 330 | 回复: 2 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
关于GMX中带基底以及溶剂转换问题
|
||
|
本人想尝试在GMX中运行带基底以及蛋白的体系，而且为快速平衡蛋白行为，因此选用隐式溶剂作为快速平衡条件。这里我们暂称隐式溶剂体系为体系一，显式为体系二。 但动力学平衡之后又须加入显示溶剂使结果更为可靠，因此需要在体系一平衡之后再灌入水分子。此时又需要最小化，而在GMX中运行带基底的最小化是会崩溃的，因此我在操作时都是先将其去掉，这就意味着，两种溶剂转换我需要两次去基底。个人觉得这样操作甚为繁琐。 因此求助各位大侠有无更为简单的方法，或者更有效的办法来推翻必须使用两种体系串着跑的笨鸟方案。脑袋短路，十分苦恼。 |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有7人回复
-
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有9人回复
-
最失望的一年
已经有17人回复
-
求推荐博导
已经有4人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有34人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有4人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 单晶培养中可溶与不可溶溶剂的比例问题
已经有14人回复
- 50金币求助：留学基金委信息平台注册问题！
已经有17人回复
- 液相分析遇到一些小问题，大家帮忙！
已经有5人回复
- 求助一个关于IEEE的会议的问题 多谢拉！！
已经有12人回复
- 求助一个关于傅克反应后处理的问题
已经有6人回复
- 芳香胺碱性强弱问题
已经有5人回复
- 关于肥料试验设计问题
已经有20人回复
- 关于过柱子的一个问题
已经有37人回复
- 关于常见有机溶剂极性大小，大家一起交流吧
已经有12人回复
- 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支
已经有10人回复
- 湿法装柱，干法上样的时候，什么时候加样？是溶剂和硅胶层相切还是?
已经有7人回复
- 物理学报投稿问题
已经有4人回复
- 羟乙基磺酸钠有什么溶剂可以溶解啊
已经有11人回复
- 如何将多模光耦合到单模光纤里，或者将其转换为单模光？
已经有28人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
3楼2012-03-13 08:47:08
2楼2012-03-12 08:47:06