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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算论文一篇（含response，支持信息和正文修改痕迹）(校稿已经上传)
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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引用回帖:
20楼: Originally posted by qlm2001 at 2012-07-31 18:08:40
好文章，感谢楼主热心分享。
新人，想拿楼主的文章练习下VASP，有个两个问题想请教

1. 请问楼主， 对于您文章中的“ the cores of  for O,  for Ce and  for Mn were used” 这个在VASP设定时怎么设定啊，是在I ...

1.选赝势的时候就自动设定了
2.一般用几何优化的结果。我猜想：用序自己判断的结果，便于后续结果的收敛。也可以用实验结果。这两个数值差别不大，能得到定性结论就可以了。
3.第二条中，到底用哪一个更合适，我不知道。
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qlm2001
21楼2012-07-31 19:59:45
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qlm2001

铁虫 (小有名气)
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21楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-07-31 19:59:45
1.选赝势的时候就自动设定了
2.一般用几何优化的结果。我猜想：用序自己判断的结果，便于后续结果的收敛。也可以用实验结果。这两个数值差别不大，能得到定性结论就可以了。
3.第二条中，到底用哪一个更合适，我 ...

谢谢楼主的回复
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22楼2012-08-06 16:56:52
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qlm2001

铁虫 (小有名气)
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感谢楼主一直对我的帮助。

想问楼主一个问题，在您的论文中，当计算 CeO2 的氧空位生成能时，是用去掉一个氧的结构的总自由能减去没去氧之前的总自由能吗？即 E (formation) = E (vCeO2, total) - E(CeO2,total) 吗？

再次感谢楼主，谢谢了。
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23楼2012-08-08 16:50:22
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cenwanglai

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23楼: Originally posted by qlm2001 at 2012-08-08 16:50:22
感谢楼主一直对我的帮助。

想问楼主一个问题，在您的论文中，当计算 CeO2 的氧空位生成能时，是用去掉一个氧的结构的总自由能减去没去氧之前的总自由能吗？即 E (formation) = E (vCeO2, total) - E(CeO2,total) ...

氧空位的形成能计算，要遵循质量守恒。

CeO2->vCeO2+0.5O2.

算出每一项的能量，然后算加减法。

O2能量的计算：把O2分子放在一个边长为15埃的box中。用Gamma点来算。
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qlm2001
24楼2012-08-08 17:23:09
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qlm2001

铁虫 (小有名气)
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24楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-08-08 17:23:09
氧空位的形成能计算，要遵循质量守恒。

CeO2->vCeO2+0.5O2.

算出每一项的能量，然后算加减法。

O2能量的计算：把O2分子放在一个边长为15埃的box中。用Gamma点来算。...

谢谢楼主的快速回复
因为在您的论文中，对于CeO2 形成了一个氧空位, 生成了0.5个氧分子。

在算O2的能量时，取多少个氧分子呢？
是取很多吗？ 算出生成每个氧分子的能量？如果是取很多话，取多少合适呢？怎么取呢？

还是就取一个氧原子放在15埃的box里呢

谢谢楼主
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25楼2012-08-08 17:34:42
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qlm2001

铁虫 (小有名气)
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期待楼主回复，谢谢
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26楼2012-08-10 10:06:52
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cenwanglai

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25楼: Originally posted by qlm2001 at 2012-08-08 17:34:42
谢谢楼主的快速回复
因为在您的论文中，对于CeO2 形成了一个氧空位, 生成了0.5个氧分子。

在算O2的能量时，取多少个氧分子呢？
是取很多吗？ 算出生成每个氧分子的能量？如果是取很多话，取多少合适呢？怎么取 ...

取一个O2分子。空气中O2分子之间相互作用力可以忽略。也忽略其他分子对O2分子的影响。
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27楼2012-08-11 17:17:56
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三个果子

新虫 (初入文坛)
★
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计算新人，谢谢楼主分享经验，正在读楼主的文章。

想请教楼主个问题。
当建模后，进行计算之前应该要优化的吧，请问楼主是怎么进行优化的呢？
在之前虫友的帖子看到过优化的过程，主要有以下两种方法
——--------------------------------------------
1。在优化的时候，把cell shape和cell volume都放开驰豫，设置ISIF=3，用 IBRION = 2，CG方法来驰豫两次，第二次是copy第一次做好的CONTCAR作为POSCAR，(可以参看VASP手册7.6.2 Accurate bulk relaxations with internal parameters (one)), 第三步要得到能量的话就用比较精确的方法做。(PREC=High, ISMEAR=-5)。

2。是把体积固定(设置ISIF=4)，对构型进行优化，做两次之后(参见VASP手册的7.6.3 Accurate bulk relaxations with internal parameters (two))，再用比较精确的方法得到能量(这回不要做驰豫，即离子要设为不动的，因此ISIF可以设为2)，得到一个能量，然后变化POSCAR中的晶 格常数，在大概的晶格常数位置周围做几个点，然后对能量和晶格常数做二次函数拟和得到最低的能量所对应的晶格常数，从而这个结构可以被认为是优化好了
------------------------------------------------------------

优化的方法也可能是计算的元素不同，优化方法不同，请问楼主是怎么进行优化的呢？另外优化时应该也得到自由能，请问优化过程中得到的自由能，被包含在计算后的氧空位形成吗？
另外当优化过程中要加U吗？
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If you are going through hell, then keep going!
28楼2012-08-13 09:13:53
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cenwanglai

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28楼: Originally posted by 三个果子 at 2012-08-13 09:13:53
计算新人，谢谢楼主分享经验，正在读楼主的文章。

想请教楼主个问题。
当建模后，进行计算之前应该要优化的吧，请问楼主是怎么进行优化的呢？
在之前虫友的帖子看到过优化的过程，主要有以下两种方法
——--- ...

你可以看看我在第一性原理版关于结构优化的帖子。

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2512497

[ Last edited by cenwanglai on 2012-8-13 at 09:22 ]
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29楼2012-08-13 09:16:25
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cenwanglai

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如果对你的文章有帮助，请引用它~
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30楼2012-08-13 09:23:32
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