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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » ATAT中gensqs工具如何改变取代浓度
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-11-12 18:28:26
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19楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-10 15:55:23
请教一下这个conc.in是怎么建的？我试过上面的用MS建模替换原子导出原子位置，结果tcorr.out可以产生，但是sqs为空，自己手写又总是不对，很郁闷呐...

使用genstr命令产生指定原子个数的所有可能的superstructure，从输出结果找你需要的浓度，可能会有很多个，没关系，哪个都行，因为只需要浓度，原子位置无关紧要。再把它拷成conc.in即可。另外-2=要用逐步减小数值的方法设置，因为取太大可能找不到匹配的结构，sqs就只能输出空文件。具体取法跟体系有关。
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21楼2012-11-10 22:11:13
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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21楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-10 22:11:13
使用genstr命令产生指定原子个数的所有可能的superstructure，从输出结果找你需要的浓度，可能会有很多个，没关系，哪个都行，因为只需要浓度，原子位置无关紧要。再把它拷成conc.in即可。另外-2=要用逐步减小数值 ...

杩樿�?璇锋暀涓�涓嬶紝genstr鐨勫懡浠ゆ槸涓?鏄拰gensqs鐩稿?屽晩锛屽?互鍐欐�?genstr -n=* >* 锛宯浠ｈ〃瑕?杈撳嚭鐨勬渶澶氬師瀛?鏁帮紵鎵�杈撳嚭鐨勬枃浠跺??鏄痵tr.out�?楋紝杩樻槸闅?渚垮啓涓�涓紵璋㈣阿锛?
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22楼2012-11-11 11:55:06
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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22楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-11 11:55:06
杩樿�?璇锋暀涓�涓嬶紝genstr鐨勫懡浠ゆ槸涓?鏄拰gensqs鐩稿?屽晩锛屽?互鍐欐�?genstr -n=* >* 锛宯浠ｈ〃瑕?杈撳嚭鐨勬渶澶氬師瀛?鏁帮紵鎵�杈撳嚭鐨勬枃浠跺??鏄痵tr.out�?楋紝杩樻槸闅?渚垮啓涓�涓紵璋 ...

？？？我发的怎么就成乱码了？！
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23楼2012-11-11 11:59:00
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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21楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-10 22:11:13
使用genstr命令产生指定原子个数的所有可能的superstructure，从输出结果找你需要的浓度，可能会有很多个，没关系，哪个都行，因为只需要浓度，原子位置无关紧要。再把它拷成conc.in即可。另外-2=要用逐步减小数值 ...

谢谢，还要请教一下，genstr命令是不是和gensqs相同啊，只写genstr -n=* >*，就可以了；输出文件名是str.out？
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24楼2012-11-11 12:01:52
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-11-12 18:28:36
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24楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-11 12:01:52
谢谢，还要请教一下，genstr命令是不是和gensqs相同啊，只写genstr -n=* >*，就可以了；输出文件名是str.out？...

这个命令手册上有，你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓，随便取个都行，关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。
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25楼2012-11-11 17:45:24
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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25楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-11 17:45:24
这个命令手册上有，你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓，随便取个都行，关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。...

好的，谢谢
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26楼2012-11-11 18:37:11
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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25楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-11 17:45:24
这个命令手册上有，你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓，随便取个都行，关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。...

还有个问题要请教一下，在众多sqs结构中如何挑选最合适的一个？
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27楼2012-11-18 10:47:33
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)
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franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-11-19 16:10:36
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27楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-18 10:47:33
还有个问题要请教一下，在众多sqs结构中如何挑选最合适的一个？...

第一种方法是增大-2=的距离，直到只有一个sqs为止，但是这种方法很多时候都行不通，经常会出现要么没有，要么一大堆的情况。第二种方法是比较输出的一大堆的sqs结构的相关函数和随机分布的偏差，比如说第一二层是吻合随即分布的，但是第三层以后就不一样了，可以选取第三层到第五层，比较它们的相关函数和随机分布的偏差，自然是越小越好。
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28楼2012-11-19 12:01:53
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tt-0-8

银虫 (小有名气)
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28楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-19 12:01:53
第一种方法是增大-2=的距离，直到只有一个sqs为止，但是这种方法很多时候都行不通，经常会出现要么没有，要么一大堆的情况。第二种方法是比较输出的一大堆的sqs结构的相关函数和随机分布的偏差，比如说第一二层是吻 ...

相关函数和随机分布的偏差怎么看，tcorr_final.out？看文献一直没搞清楚，还望指教一下，谢谢！
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29楼2012-11-20 10:28:29
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)
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fzx2008: 金币+3, 谢谢指教！ 2012-11-20 18:21:43
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29楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-20 10:28:29
相关函数和随机分布的偏差怎么看，tcorr_final.out？看文献一直没搞清楚，还望指教一下，谢谢！...

你看看4楼贴出来的笔记，tcorr_final.out是sqs的相关函数，一个sqs结构对应里面的一行。tcorr_finalRND.out是随机分布的相关函数，也是一个sqs结构对应一行，因为每个sqs浓度都是一样的，所有每行都是一样的。
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30楼2012-11-20 18:00:43
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