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llh2010

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流, 2012-11-12 18:28:26
引用回帖:
19楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-10 15:55:23
请教一下这个conc.in是怎么建的?我试过上面的用MS建模替换原子导出原子位置,结果tcorr.out可以产生,但是sqs为空,自己手写又总是不对,很郁闷呐...

使用genstr命令产生指定原子个数的所有可能的superstructure,从输出结果找你需要的浓度,可能会有很多个,没关系,哪个都行,因为只需要浓度,原子位置无关紧要。再把它拷成conc.in即可。另外-2=要用逐步减小数值的方法设置,因为取太大可能找不到匹配的结构,sqs就只能输出空文件。具体取法跟体系有关。
知识引导人生,学习成就未来
21楼2012-11-10 22:11:13
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

???????:
21?: Originally posted by llh2010 at 2012-11-10 22:11:13
???genstr?????????????????????п????superstructure?????????????????????????????к?????????????????У???????????????λ??????????????????conc.in???ɡ?????-2=??????С??? ...

还??请教一下,genstr的命令是??是和gensqs相???啊,???以写??genstr -n=* >* ,n代表??输出的最多原??数?所输出的文件???是str.out???,还是??便写一个?谢谢??
坚持就是胜利,哈哈
22楼2012-11-11 11:55:06
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

???????:
22?: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-11 11:55:06
还??请教一下,genstr的命令是??是和gensqs相???啊,???以写??genstr -n=* >* ,n代表??输出的最多原??数?所输出的文件???是str.out???,还是??便写一个?? ...

??????????????????????????
坚持就是胜利,哈哈
23楼2012-11-11 11:59:00
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
21楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-10 22:11:13
使用genstr命令产生指定原子个数的所有可能的superstructure,从输出结果找你需要的浓度,可能会有很多个,没关系,哪个都行,因为只需要浓度,原子位置无关紧要。再把它拷成conc.in即可。另外-2=要用逐步减小数值 ...

谢谢,还要请教一下,genstr命令是不是和gensqs相同啊,只写genstr -n=* >*,就可以了;输出文件名是str.out?
坚持就是胜利,哈哈
24楼2012-11-11 12:01:52
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流, 2012-11-12 18:28:36
引用回帖:
24楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-11 12:01:52
谢谢,还要请教一下,genstr命令是不是和gensqs相同啊,只写genstr -n=* >*,就可以了;输出文件名是str.out?...

这个命令手册上有,你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓,随便取个都行,关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。
知识引导人生,学习成就未来
25楼2012-11-11 17:45:24
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
25楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-11 17:45:24
这个命令手册上有,你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓,随便取个都行,关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。...

好的,谢谢
坚持就是胜利,哈哈
26楼2012-11-11 18:37:11
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
25楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-11 17:45:24
这个命令手册上有,你可以查查看怎么用。至于这个命令输出文件时什么名字无所谓,随便取个都行,关键是要把输出文件里的你想要的浓度拷出来成做成conc.in即可。...

还有个问题要请教一下,在众多sqs结构中如何挑选最合适的一个?
坚持就是胜利,哈哈
27楼2012-11-18 10:47:33
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流, 2012-11-19 16:10:36
引用回帖:
27楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-18 10:47:33
还有个问题要请教一下,在众多sqs结构中如何挑选最合适的一个?...

第一种方法是增大-2=的距离,直到只有一个sqs为止,但是这种方法很多时候都行不通,经常会出现要么没有,要么一大堆的情况。第二种方法是比较输出的一大堆的sqs结构的相关函数和随机分布的偏差,比如说第一二层是吻合随即分布的,但是第三层以后就不一样了,可以选取第三层到第五层,比较它们的相关函数和随机分布的偏差,自然是越小越好。
知识引导人生,学习成就未来
28楼2012-11-19 12:01:53
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tt-0-8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
28楼: Originally posted by llh2010 at 2012-11-19 12:01:53
第一种方法是增大-2=的距离,直到只有一个sqs为止,但是这种方法很多时候都行不通,经常会出现要么没有,要么一大堆的情况。第二种方法是比较输出的一大堆的sqs结构的相关函数和随机分布的偏差,比如说第一二层是吻 ...

相关函数和随机分布的偏差怎么看,tcorr_final.out?看文献一直没搞清楚,还望指教一下,谢谢!
坚持就是胜利,哈哈
29楼2012-11-20 10:28:29
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教! 2012-11-20 18:21:43
引用回帖:
29楼: Originally posted by tt-0-8 at 2012-11-20 10:28:29
相关函数和随机分布的偏差怎么看,tcorr_final.out?看文献一直没搞清楚,还望指教一下,谢谢!...

你看看4楼贴出来的笔记,tcorr_final.out是sqs的相关函数,一个sqs结构对应里面的一行。tcorr_finalRND.out是随机分布的相关函数,也是一个sqs结构对应一行,因为每个sqs浓度都是一样的,所有每行都是一样的。
知识引导人生,学习成就未来
30楼2012-11-20 18:00:43
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