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分window的smd模拟研究探讨
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我现在想将一个离子用smd的方法使其通过纳米管，纳米管的长度有32唉左右， 我们知道运用smd时拉伸的距离不宜过长，否则会造成误差积累；所以采用分成多个 window的方法进行，即用前一次smd结束时的最后一帧的pdb为下一window的开始坐标； 但是，我在做的时候发现了一个问题，希望大家不吝赐教： 将最后一帧作为开始pdb坐标时，离子的运动可能会向前也可能会向后，而我想让它 沿z轴运动，不知该怎样解决？还有一个问题，管长32，但是我想摸你10-15这一段的PMF 曲线，不知道该怎么样做。 在下现在非常着急，希望大家多多指教，以解小生燃眉之急！！！ |
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