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苗苗09

金虫 (正式写手)

[求助] 用Origin 8.0怎么计算IC50值

本人想计算抑菌率的IC50值，参照其它的求助贴还是搞不好，希望大家帮帮忙！
浓度
256
128
64
32
16
8
4
2
1
抑菌率
86.17
50.40
38.61
26.42
20.32
14.63
10.16
7.31
4.065
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1楼 2012-02-22 22:05:37
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xiaoqi5992

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
苗苗09(金币+8): ★★★很有帮助 2012-02-23 09:09:23
我用的是Origin8.5.1，估计操作差不多。先做一个散点图，然后双击横坐标改成log10形式的，最后曲线拟合，选择非线性的growth/sigmoidal----函数选择logistic，直接拟合就可以了。会出一个报告，我这个版本的可以直接给出EC50，8.0我不太清楚，不过要是没有的话也没有关系，你可以看各个参数的值，其中有一个是X0，也就是X的系数，它的值其实就是EC50.

注：我所选用的是四参数拟合
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见学
2楼2012-02-23 08:52:20
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wenzonglu

木虫 (正式写手)
晕，简单问题复杂化。直线拟合而不是非线性曲线拟合。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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17楼2012-08-03 11:58:10
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普通回帖

xiaoqi5992

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

苗苗09(金币+2): ★★★很有帮助 2012-02-23 13:47:31
Model        Logistic               
Equation        y = A2 + (A1-A2)/(1 + (x/x0)^p)               
Reduced Chi-Sqr        9.80758               
Adj. R-Square        0.98587               
                Value        Standard Error
B        A1        4.08463        4.94721
B        A2        217573.10184        4.04732E8
B        x0        7.27698E7        2.15451E11
B        p        0.62987        0.32689
B        EC20        8.05571E6       
B        EC50        7.27698E7       
B        EC80        6.57353E8       
这是我拟合后的结果
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3楼2012-02-23 08:54:03
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苗苗09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by xiaoqi5992 at 2012-02-23 08:52:20:
我用的是Origin8.5.1，估计操作差不多。先做一个散点图，然后双击横坐标改成log10形式的，最后曲线拟合，选择非线性的growth/sigmoidal----函数选择logistic，直接拟合就可以了。会出一个报告，我这个版本的可以直 ...

EC50和IC50不像不是同样的定义，它们的值是一样的？
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乐在其中
4楼2012-02-23 09:10:43
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苗苗09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by xiaoqi5992 at 2012-02-23 08:54:03:
Model        Logistic               
Equation        y = A2 + (A1-A2)/(1 + (x/x0)^p)               
Reduced Chi-Sqr        9.80758               
Adj. R-Square        0.98587               
                Value        Standard Error
B        A1        4.08463        4.94721
B        A2        217573.10184        4.04732E8
B        x0        7.2 ...

计算出的EC50值那么大，怎样把单位换算成ug/mL
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5楼2012-02-23 10:31:26
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xiaoqi5992

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 苗苗09 at 2012-02-23 10:31:26:
计算出的EC50值那么大，怎样把单位换算成ug/mL

IC50和EC50的定义不一样，但我感觉曲线拟合是一样的吧，那个X0的值这是根据所作的实验是抑制还是效应的不同而有不同的意义吧。（个人理解，不一定正确）

曲线拟合后你所给的数据就在曲线的下半部分，并不是一个完整的S型曲线。如何换算成ug/mL 就要看你数据的单位了，这里EC50的单位和你数据的单位是一样的。
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6楼2012-02-23 12:44:25
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苗苗09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by xiaoqi5992 at 2012-02-23 12:44:25:
IC50和EC50的定义不一样，但我感觉曲线拟合是一样的吧，那个X0的值这是根据所作的实验是抑制还是效应的不同而有不同的意义吧。（个人理解，不一定正确）

曲线拟合后你所给的数据就在曲线的下半部分，并不是一 ...

不会吧，我原来浓度的单位是ug/mL,作图时转化成log，用Origin算出的EC50值是 7.27698E7，我想知道怎么转换回去
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7楼2012-02-23 13:00:54
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xiaoqi5992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 苗苗09 at 2012-02-23 13:00:54:
不会吧，我原来浓度的单位是ug/mL,作图时转化成log，用Origin算出的EC50值是 7.27698E7，我想知道怎么转换回去

这个的单位就是ug/mL，转化成log后，你数据的X值并没有变化，只是横坐标轴有变化。
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8楼2012-02-23 13:15:19
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苗苗09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by xiaoqi5992 at 2012-02-23 13:15:19:
这个的单位就是ug/mL，转化成log后，你数据的X值并没有变化，只是横坐标轴有变化。

还是想不通，256ug/mL时抑菌率已经达到86.17%，EC50竟然是7.27698E7=72769800ug/mL  ，难道是我算错了？
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9楼2012-02-23 13:25:25
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xiaoqi5992

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 苗苗09 at 2012-02-23 13:25:25:
还是想不通，256ug/mL时抑菌率已经达到86.17%，EC50竟然是7.27698E7=72769800ug/mL  ，难道是我算错了？

这个值确实是太大，是不是拟合曲线选择的不对啊。我感觉这应该不是一个S型曲线。
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10楼2012-02-23 13:38:25
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