| 查看: 518 | 回复: 0 | |||
[资源]
cclib 处理大于100个原子的系统 (GAMESS, parser)
|
|
前段时间自己遇到的问题，cclib处理大于100个原子的系统出错。 下面是俺的处理方法，共享： Here is the root problem: cclib (the current released version) cannot parse the log file of system with natom >= 100. In the log file for the Eigenvalues/MOs: 518 H 98 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 519 C 99 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 520 C 99 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 521 C 99 X -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 522 C 99 Y -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 523 C 99 Z -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 524 H 0 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 525 H 1 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 526 C 2 S -0.000000 0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 The number of atoms are recorded as 0, 1, ..., instead of 100/200/..., 101/201/..., which is however problematic in calculating CSPA. My resolution is: introducing a switch to monitor this change. The corresponding code, in gamessparser.py is partially copied in the following: LINE 714: p = re.compile("(\d+)\s*([A-Z][A-Z]?)\s*(\d+)\s*([A-Z]+)"  oldatom ='0' i_atom = 0 #couter to translate to 0s to some hundreds, by C.W. flag_w = True #Flag to whether for i in range(self.nbasis): line = inputfile.next() # If line is empty, break (ex. for FMO in exam37). if not line.strip(): break # Fill atombasis and aonames only first time around if readatombasis and base == 0: aonames = [] start = line[:17].strip() m = p.search(start) if m: g = m.groups() g2 = int(g[2]) #atom index from GAMESS's log file if g2 == 0 and flag_w: #c.w. i_atom = i_atom + 100 #c.w flag_w = False if g2 != 0: flag_w = True g2 = g2 + i_atom #c.w. aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), str(g2), g[3]) #c.w. # aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), g[2], g[3]) oldatom = str(g2) #c.w. atomno = g2 - 1 #c.w. # oldatom = g[2] # atomno = int(g[2])-1 orbno = int(g[0])-1 else: # For F orbitals, as shown above g = [x.strip() for x in line.split()] g2 = int(g[2]) #atom index from GAMESS's log file if g2 == 0 and flag_w: #c.w. i_atom = i_atom + 100 #c.w. flag_w = False #c.w. if g2 != 0: #c.w. flag_w = True #c.w. g2 = g2 + i_atom #c.w. # aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), oldatom, g[2]) aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), oldatom, str(g2)) atomno = int(oldatom)-1 orbno = int(g[0])-1 self.atombasis[atomno].append(orbno) self.aonames.append(aoname) coeffs = line[15:] # Strip off the crud at the start. j = 0 while j*11+4 < len(coeffs): self.mocoeffs[0][base+j, i] = float(coeffs[j * 11  j + 1) * 11])j += 1 line = inputfile.next() Enjoy! |
回复此楼» 猜你喜欢
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有277人回复
-
调剂招生
已经有1人回复
-
实际气体内压强的微观机制或将改写--------从一个基本的力学佯谬说起
已经有2人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有5人回复
-
招收0703开头的学硕调剂生 线上复试
已经有5人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有37人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
取得博士学位大于三年是否能申请CSC资助读海外博后？
已经有12人回复
- 求h-BN的原子位置以及单层结构怎么用MS建立？
已经有9人回复
- 物理吸附一定放热吗？焓变可以大于0吗？
已经有10人回复
- 原子布居电荷分布
已经有3人回复
- 让中学生受益一生的100个美德故事.黄棋【转载】
已经有4人回复
- 生测数据的标准差大于平均值，怎么办？
已经有7人回复
- 原子荧光测试遇到问题，怎么办？
已经有5人回复
- 【求助】单晶的X衍射-确定绝对构型-是否一定要有重原子！！
已经有7人回复
- 【讨论】悬赏１００金币！红外分析解谱：Si原子上甲基数量
已经有10人回复
- 【求助】原子吸收测定矿石中的钾和钠，怎么也做不好？
已经有5人回复
- 【求助】如何使用火焰原子吸收法测定100ppm以内的铁含量
已经有14人回复
- 【求助】如何判断一个原子在原包内部
已经有4人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
40