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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gamess/Q-Chem » cclib 处理大于100个原子的系统 (GAMESS, parser)
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fwang2011

金虫 (小有名气)

[资源] cclib 处理大于100个原子的系统 (GAMESS, parser)

前段时间自己遇到的问题，cclib处理大于100个原子的系统出错。

下面是俺的处理方法，共享：
Here is the root problem: cclib (the current released version) cannot parse the log file of system with natom >= 100.

In the log file for the Eigenvalues/MOs:
518  H 98  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  519  C 99  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  520  C 99  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  521  C 99  X   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  522  C 99  Y   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  523  C 99  Z   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  524  H  0  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  525  H  1  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000
  526  C  2  S   -0.000000   0.000000  -0.000000  -0.000000  -0.000000

The number of atoms are recorded as 0, 1, ...,  instead of 100/200/..., 101/201/..., which is however problematic in calculating CSPA.

My resolution is: introducing a switch to monitor this change. The corresponding code, in gamessparser.py is partially copied in the following:

LINE 714:
               p = re.compile("(\d+)\s*([A-Z][A-Z]?)\s*(\d+)\s*([A-Z]+)"
                oldatom ='0'
                i_atom = 0      #couter to translate to 0s to some hundreds, by C.W.
                flag_w = True   #Flag to whether
                for i in range(self.nbasis):
                    line = inputfile.next()

                    # If line is empty, break (ex. for FMO in exam37).
                    if not line.strip(): break

                    # Fill atombasis and aonames only first time around
                    if readatombasis and base == 0:
                        aonames = []
                        start = line[:17].strip()
                        m = p.search(start)
                        if m:
                            g = m.groups()
                            g2 = int(g[2])  #atom index from GAMESS's log file
                            if g2 == 0 and flag_w:                      #c.w.
                                i_atom = i_atom + 100           #c.w
                                flag_w = False
                            if g2 != 0:
                                flag_w = True
                            g2 = g2 + i_atom            #c.w.
                            aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), str(g2), g[3])     #c.w.
                          #  aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), g[2], g[3])
                            oldatom = str(g2)   #c.w.
                            atomno = g2 - 1     #c.w.
                         #   oldatom = g[2]
                         #  atomno = int(g[2])-1
                            orbno = int(g[0])-1

                        else: # For F orbitals, as shown above
                            g = [x.strip() for x in line.split()]
                            g2 = int(g[2])  #atom index from GAMESS's log file
                            if g2 == 0 and flag_w:                      #c.w.
                                i_atom = i_atom + 100           #c.w.
                                flag_w = False                  #c.w.
                            if g2 != 0: #c.w.
                                flag_w = True           #c.w.
                            g2 = g2 + i_atom            #c.w.
                           # aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), oldatom, g[2])
                            aoname = "%s%s_%s" % (g[1].capitalize(), oldatom, str(g2))
                            atomno = int(oldatom)-1
                            orbno = int(g[0])-1
                        self.atombasis[atomno].append(orbno)
                        self.aonames.append(aoname)
                    coeffs = line[15:] # Strip off the crud at the start.
                    j = 0
                    while j*11+4 < len(coeffs):
                        self.mocoeffs[0][base+j, i] = float(coeffs[j * 11j + 1) * 11])
                        j += 1

            line = inputfile.next()

Enjoy!
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1楼 2012-02-22 00:35:10
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