| 查看: 2871 | 回复: 1 | |||
[求助]
gromacs 基团质心的径向分布函数
|
|
利用gromacs计算离子液体的性质，想得到阴、阳离子关于质心的径向分布函数，看了一下说明，用g_rdf -com，可是计算后发现应该只是将reference group的质心设成参照点，而计算时仍是采用另一个基团距离最近的原子计算，那要如何 计算两个基团质心的径向分布函数？ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
厉娜
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问做原子模拟或者分子模拟时势函数的选取
已经有6人回复
- 【求助】structure factor S(q)的问题
已经有5人回复
|
http://bbs.keinsci.com/thread-6962-1-7.html 这里写道，用-ref和-sel设定参考组 纯水体系中 绘制O-O径向分布函数 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name OW" 绘制O-H径向分布函数 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name HW1 HW2" 绘制水分子质心间的径向分布函数，以下两个等价 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "water" -sel "water" -seltype mol_com gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "res_com of resname SOL" -sel "res_com of resname SOL" |
2楼2019-01-16 09:56:22
