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gromacs 基团质心的径向分布函数
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利用gromacs计算离子液体的性质，想得到阴、阳离子关于质心的径向分布函数，看了一下说明，用g_rdf -com，可是计算后发现应该只是将reference group的质心设成参照点，而计算时仍是采用另一个基团距离最近的原子计算，那要如何 计算两个基团质心的径向分布函数？ |
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http://bbs.keinsci.com/thread-6962-1-7.html 这里写道，用-ref和-sel设定参考组 纯水体系中 绘制O-O径向分布函数 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name OW" 绘制O-H径向分布函数 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name HW1 HW2" 绘制水分子质心间的径向分布函数，以下两个等价 gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "water" -sel "water" -seltype mol_com gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "res_com of resname SOL" -sel "res_com of resname SOL" |
2楼2019-01-16 09:56:22