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Illusionist

银虫 (正式写手)

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[求助] 诚心求教，如何scan。回复即散分

各位老师新年好！

小弟遇到一些问题：

A和B是完全一样的分子，先假设A分子所在平面为XY平面，Z轴垂直XY平面，B分子与A分子面面平行。
现在想要完全固定A，并且固定A、B在Z方向的距离，然后让B在其所在平面沿X和Y两个方向scan一下。希望得到一个三维图谱。

[ Last edited by Illusionist on 2012-2-15 at 08:03 ]

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1楼 2012-02-14 08:35:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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Illusionist(金币+40): ★有帮助谢谢，意思是我要做很多次单点能计算，而不能使用scan命令一次完成·？ 2012-02-17 08:15:09

你打开输入文件，找到你想移动的分子中每一个原子对应的笛卡尔坐标（xyz）。假设你想要把这个分子往x方向移动，就把这个分子的x坐标那一列分别加上一个值n(比如n=0.02)。这样每加一次，就相当于这个分子往x方向移动了距离n。多次这样操作之后，你就得到了若干个往x方向移动不同距离的分子结构。对这些结构分别计算其电子能量，你就完成了X方向上的势能扫描。同样的方法，你也可以完成向Y方向的扫描。最后你把这些对应坐标和对应能量做到一张图里面(或许用origin可以完成),就得到了你要的扫描势能图。

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