【答案】应助回帖

11楼2012-11-29 08:40:01

tingzi7768

银虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 282
帖子: 66
在线: 20.8小时
虫号: 731188
注册: 2009-03-25
专业: 生物地球化学

【答案】应助回帖

引用回帖:

11楼: Originally posted by 小小佐罗2 at 2012-11-29 08:40:01
我和你的疑问相同...

呵呵，又看了一下杂志，plos one，所以这样的疑问也就。。。

12楼2012-11-29 11:34:39

小小佐罗2

木虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 3357.2
散金: 1
红花: 2
帖子: 396
在线: 299.9小时
虫号: 1358081
注册: 2011-08-01
性别: GG
专业: 畜牧学

引用回帖:

12楼: Originally posted by tingzi7768 at 2012-11-29 11:34:39
呵呵，又看了一下杂志，plos one，所以这样的疑问也就。。。...

管他什么杂志你做的PCA这么低的贡献率肯定要有个说法啊想不通

13楼2012-11-30 19:51:01

a1329485280

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 14.5
帖子: 4
在线: 14.7小时
虫号: 3383020
注册: 2014-08-26
专业: 生物化学

我想问下这两个主成分到底是什么呢

14楼2014-08-31 16:38:11

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 65 (初中生)
金币: 24487.5
红花: 16
帖子: 2608
在线: 67小时
虫号: 395640
注册: 2007-06-08
性别: GG
专业: 微生物生态学

【答案】应助回帖

PCA的第一轴和第二轴并不一定代表某个特殊的环境参数。这两个百分数的意思就是这两个轴能分别解释所有样品中的细菌群落差异的比例。

赞一下(2人)

15楼2014-10-25 15:50:08

Thorn培培

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 11
散金: 6
帖子: 24
在线: 6.1小时
虫号: 4204964
注册: 2015-11-08
性别: MM
专业: 微生物生态学

楼主你好，请问PCA贡献率的问题有解决吗？我做了微生物16S rRNA测序，给的结果里面的贡献率也很低，主成分一和二累积才20多，？请问这个怎么解释啊？求指导啊。

16楼2015-12-16 22:09:17

☆季节→永恒

新虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 1193.2
散金: 30
红花: 2
帖子: 229
在线: 84.1小时
虫号: 3379335
注册: 2014-08-23
专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

我建议楼主还是少看点PLOS one的上的文章吧，我们学校奖学金都不承认的，你懂得

17楼2015-12-24 10:59:13

416114799

至尊木虫 (知名作家)

MicEPI: 2
应助: 707 (博后)
金币: 14788.2
散金: 1799
红花: 150
帖子: 9929
在线: 1606.6小时
虫号: 996663
注册: 2010-04-14
专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

引用回帖:

3楼: Originally posted by songxc123 at 2012-02-08 15:53:31
共同学习，个人认为是这样的。
主成分分析是将所有影响因子分开，通过分析，得到不同影响因子对产生变异量（差异）的贡献率。PC1指贡献率上排名第一的贡献率，是对变异量影响最大的一个因子，8.9%的贡献率，PC2就是 ...

你的理解是错的！第一轴不是因子一，而是所有因子在一轴的投影，其他一样。如果用r语言分析，每个因子的贡献率都可以算出来。canoco我还没搞清楚。

发自小木虫IOS客户端

赞一下(1人)

做人做事要低调,默默践行心中的梦想.

18楼2015-12-25 08:32:35

416114799

至尊木虫 (知名作家)

MicEPI: 2
应助: 707 (博后)
金币: 14788.2
散金: 1799
红花: 150
帖子: 9929
在线: 1606.6小时
虫号: 996663
注册: 2010-04-14
专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

请参考15楼。PCA是分析群落聚集在一起的结果如何，而这些聚集是环境因子决定的，这些因子可以是各种东西。比如pH，温度，金属浓度，有机物，有没有种植物（用0和1表示有没有），等等。因为一般要求数据是因子的三倍以上，所以大数据量才能有一个好的指示。而因子多寡不是重点，因为我们不知道环境中哪些因子影响了你的结果，如果你有5个因子，通过分析其一轴和所有轴的p值小于0.05，说明因子可以用来作图，但即便如此你也不能说所有因子有作用。你得看看各因子是否有显著，p值。如果5因子得出的一轴和/或总的p值大于0.05，说明因子有无效的。把计算得出F值最低的删掉，继续分析，直到你得到显著的p值。你看的这文章pc1和2意思是所有因子作用下群落聚类得到这样分布的可能性。因为PCA分析是空间的，不是平面的。因子影响不会只朝xy轴走，只是为了更加明白，只作出一二轴，并把它们的空间构象投影到平面。只要p值ok，一二轴数据低于80%很正常。说明作者分析的因子中只有这两个比较好解释结果，其他因子加进来p值就低于0.05，那即使解释了90%也没意义。因子五花八门，你要100个都行。但不是越多越好。你要确保的是目标数据多，而不是因子多少。所以哪怕只有一个因子理论上也行。至少结果是可靠的。至于作者图中没有很好的分离，那是另外一回事了。说明因子的确不够。有时候你测了因子，不一定就是真实有用的

发自小木虫IOS客户端

赞一下(9人)

做人做事要低调,默默践行心中的梦想.

19楼2015-12-25 08:52:30

beforetown

金虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 1341.4
帖子: 144
在线: 27.3小时
虫号: 259726
注册: 2006-06-17
性别: GG
专业: 中医儿科

【答案】应助回帖

引用回帖:

19楼: Originally posted by 416114799 at 2015-12-25 08:52:30
请参考15楼。PCA是分析群落聚集在一起的结果如何，而这些聚集是环境因子决定的，这些因子可以是各种东西。比如pH，温度，金属浓度，有机物，有没有种植物（用0和1表示有没有），等等。因为一般要求数据是因子的三倍 ...

这个解释，貌似最详细
最靠谱了

充分说明了80%的意义

关键看p值

终于懂了(-｡-

20楼2016-03-12 08:40:32