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送鲜花一朵 
4楼2012-02-05 18:45:55
jiaxinfish
金虫 (正式写手)
- BioEPI: 1
- 应助: 45 (小学生)
- 金币: 378.6
- 帖子: 981
- 在线: 310小时
- 虫号: 1308763
- 注册: 2011-05-28
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
ppx523: 回帖置顶 2012-02-05 18:41:28
ppx523(金币+2): ★★★★★最佳答案 2012-02-05 18:47:02
ppx523: 回帖置顶 2012-02-05 18:41:28
ppx523(金币+2): ★★★★★最佳答案 2012-02-05 18:47:02
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用ClustalX做多序列比对分析图示 1、打开程序 如下图所示： 2、Load Sequnce, 载入序列 如下图所示： 3、选择序列文件，FASTA格式的 如下图所示： 4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示： 5、序列Load进去之后 如下图所示： 6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数 如下图所示： 7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件 如下图所示： 点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。。。 8、比对结束之后，我们可以看到这个结果 如下图所示： 9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析 如下图所示： 10、这是.dnd文件（指导树） 如下图所示： 11、可以用Treeview打开dnd文件，看上去就像这样子 如下图所示： |
2楼2012-02-05 13:35:51
5楼2012-03-26 19:37:14