24小时热门版块排行榜

返回列表

souledge

专家顾问 (著名写手)

专家经验: +174
1ST强帖: 19
应助: 303 (大学生)
金币: 11306.4
散金: 1123
红花: 108
帖子: 2814
在线: 916.1小时
虫号: 941486
注册: 2010-01-12
专业: 结构陶瓷
管辖: 第一性原理

[求助] 如何在Abinit中固定特定原子的优化方向？

帮同学计算在BN单层片上垂直吸附氢气分子时，距离与键能的关系，考虑到同学不会使用也没安装Linux，于是就准备用Abinit的批量计算功能来解决问题。
计算的模型如下：

由于BN的模型已经测试过收敛了，所以就固定所有的B、N原子。而下面的氢原子由于要作为自变量用，所以也固定，只有上面的氢原子可以沿着Z轴方向移动，以达到最小力的状态。
查看了一下Abinit的输入参数，发现有iatfix，iatfixx，iatfixy，iatfixz四个参数可以控制变化方向，但是说明中不是那么清楚（好吧，我承认我英语也不是怎么好），而且找了半天连个使用这些参数的例子都没有找到……
就根据自己的理解来用了：

CODE:

ndtset 11

natom  20

ntypat  3

znucl  5  7  1

typat  9*1  9*2  2*3

acell  2*xxxxx  xxxxx  Angstrom

angdeg  90  90  120

xred:

  0.2222222288449608   0.1111111144224802   0.5000000000000000  # B

, 1

  ..........................................

  0.7777777810891470   0.8888888955116270   0.5000000000000000  # N, 18

  0.5555555621782941   0.4444444477558135   0.5500000000000000  # H, 19

  0.5555555621782941   0.4444444477558135   0.6000000000000000  # H, 20

xred+

  0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000  # B, 1

  ...........................................

  0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0200000000000000  # H, 20

iatfix  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19

iatfixx  20

iatfixy  20

iscf  7

ionmov  11

kptopt  1

nshiftk  1

shiftk  0.0  0.0  0.5

ngkpt  xx  xx  1

ixc  xx

ecut  xxx

ecutsigx  xxx

nstep  xxx

ntime  xxx

tolvrs  xxx

本着对他人负责的态度，在放到同学的Win7 64-bit下计算前，先放在借的物理系的集群中试了试，结果就晕了，不仅仅是上面的氢原子在移动，那是所有的原子都在动……
难道我的iatfix参数使用的方式不对么？这些个参数应该怎样使用才算对呢～
最后很无奈的使用PWscf在集群上批量计算了……但是还是想解决一下Abinit中的问题～

回复此楼