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从 单克隆杂交瘤细胞 到 抗体序列(抗体测序)
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gongeleven
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[交流]
从 单克隆杂交瘤细胞 到 抗体序列(抗体测序)
最近做杂交瘤细胞里PCR出抗体V区序列.
先提RNA,然后用抗体特异的一套引物RT-PCR,目标片段TA克隆,测序。
发现VH的CDR3位置总有终止密码子,请问有人遇到过这个情况吗?
鉴于
上提到杂交瘤传代过多、培养过久会“频繁”的出现各种突变,包括插入、点突变、整个序列不对。所以现在问题集中在杂交瘤的亚克隆过程和培养上,不知各位遇到过这种情况没
[
Last edited by gongeleven on 2012-4-20 at 10:56
]
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2012-01-16 09:18:00
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):谢谢参与
有可能。
你试一试用oligoDT反转录,用恒定区做下游引物
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3楼
2012-01-17 15:07:40
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silicare(金币+1): 谢谢参与 2012-02-16 12:55:11
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2楼
2012-01-17 10:01:15
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gongeleven
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楼
:
Originally posted by
whui
at 2012-01-17 15:07:40:
有可能。
你试一试用oligoDT反转录,用恒定区做下游引物
我用的是 Qiagen Onestep RT-PCR kit, 引物用的是 Mouse-Ig primer set(Novagen)。而且终止密码子后面的序列还是抗体特征的序列(基因组污染RNA?)。之前做过几十个了也没出现这个问题。
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4楼
2012-01-18 09:21:28
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gongeleven
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Originally posted by
lmxu0917
at 2012-01-17 10:01:15:
倒是没遇到过这样的情况,CDR3区域是抗体抗原结合的重要区域,一般不会这样的。你确定你的抗体分区没有问题吗?是不是阅读框弄错了,翻译后的氨基酸序列你blast了吗?
估计这个根本就不是起作用的抗体基因。
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5楼
2012-01-18 09:23:27
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