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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 酶的那些事
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dfhfzyl

铁虫 (小有名气)

[交流] 酶的那些事

已知一个酶的功能了，基因长1.5KB以上，现在想知道是什么序列或结构决定这个酶的活性，想先信息学预测下，然后通过序列突变，再分析这个突变的酶的活性，这样确认决定酶活的序列。   

因为没做过，很多不清楚，问题有：
1.如何预测可能决定酶活的序列？除了看保守域，有啥软件没？
2.突变用啥策略？通过突变引物设计来扩增导致突变，两端的序列好搞，中间的序列咋整

哪位可以提供点思路或方法不？
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zxhong

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1楼 2012-01-12 09:47:47
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:04:56
这是个难题，很多相关的研究仅是在摸索中，一般程序是，先找同源三级结构，进行结构比对，同时结合一级和二级比对找到可以有可能与活性有关的氨基酸，若没三维结构仅能通过一级和二级结构来来分析，再通过大量的突变实验来验证，突变的方法有很多种，常用的overlap pcr，更适合中间序列的突变。
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3楼2012-01-12 11:46:43
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zlu520

至尊木虫 (职业作家)
★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
5楼: Originally posted by zxhong at 2012-01-12 13:11:35:

找相似的已知酶，通过序列对比。。
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6楼2012-01-12 15:21:22
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547star

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:05:08
如果有人研究过类似的酶,生物信息学预测活性中心已经不是很难的事情了,找保守区更简单,不过实验部分基因克隆突变筛选,酶的纯化和酶学特性测定的工作量还是很大的.
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7楼2012-01-12 15:28:02
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rtt0325

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:05:15
序列比对可以知道哪一段大概是哪个家族的同源序列，大致可以知道起作用的区域。然后去和同源性较高的已知三维结构的蛋白比对，找到同源蛋白的活性中心，然后对应到你的蛋白上，可以大概预测到是哪些氨基酸，然后定点突变，测活性验证。
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8楼2012-01-12 18:49:13
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zxhong

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
多谢牛人的经典分享，将关注此方面。因刚刚涉及，不知咋进行。
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9楼2012-01-13 10:23:08
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myselfsk

木虫 (正式写手)
★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
爱莫能助
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10楼2012-01-13 15:41:20
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dfhfzyl

铁虫 (小有名气)
真是万分感谢
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11楼2012-01-18 19:28:42
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简单回复
clarktao2楼
2012-01-12 10:00   回复  
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
yingying15884楼
2012-01-12 12:38   回复  
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
祝福祝福
zxhong5楼
2012-01-12 13:11   回复  
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
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