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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dfhfzyl

铁虫 (小有名气)


[交流] 酶的那些事

已知一个酶的功能了,基因长1.5KB以上,现在想知道是什么序列或结构决定这个酶的活性,想先信息学预测下,然后通过序列突变,再分析这个突变的酶的活性,这样确认决定酶活的序列。   

因为没做过,很多不清楚,问题有:
1.如何预测可能决定酶活的序列?除了看保守域,有啥软件没?
2.突变用啥策略?通过突变引物设计来扩增导致突变,两端的序列好搞,中间的序列咋整

哪位可以提供点思路或方法不?
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doublehelix

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:04:56
这是个难题,很多相关的研究仅是在摸索中,一般程序是,先找同源三级结构,进行结构比对,同时结合一级和二级比对找到可以有可能与活性有关的氨基酸,若没三维结构仅能通过一级和二级结构来来分析,再通过大量的突变实验来验证,突变的方法有很多种,常用的overlap pcr,更适合中间序列的突变。
3楼2012-01-12 11:46:43
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zlu520

至尊木虫 (职业作家)



dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
5楼: Originally posted by zxhong at 2012-01-12 13:11:35:

找相似的已知酶,通过序列对比。。
6楼2012-01-12 15:21:22
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547star

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:05:08
如果有人研究过类似的酶,生物信息学预测活性中心已经不是很难的事情了,找保守区更简单,不过实验部分基因克隆突变筛选,酶的纯化和酶学特性测定的工作量还是很大的.
7楼2012-01-12 15:28:02
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rtt0325

银虫 (小有名气)


★ ★ ★
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+2): 鼓励发帖交流 2012-01-31 13:05:15
序列比对可以知道哪一段大概是哪个家族的同源序列,大致可以知道起作用的区域。然后去和同源性较高的已知三维结构的蛋白比对,找到同源蛋白的活性中心,然后对应到你的蛋白上,可以大概预测到是哪些氨基酸,然后定点突变,测活性验证。
8楼2012-01-12 18:49:13
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zxhong5楼
2012-01-12 13:11   回复  
dfhfzyl(金币+1):谢谢参与
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