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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 进行动力学模拟之后氨基酸残疾发生了改变
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 进行动力学模拟之后氨基酸残疾发生了改变

将所研究体系的蛋白质进行动力学优化，跑动力学之前的几个残基是HIS，跑过动力学之后就变成HIE了。请问有没有人也遇到过类似的情况？应该怎么处理，这几个动力学模拟之后的发生变化的残基都不是关键残基。能不能在DS中进行氨基酸残基的替换？要怎么做？
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努力的生活着
1楼 2012-01-06 11:36:39
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-09 11:36:17
wangyan10(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢 2012-01-09 15:25:20
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-09 18:24:50
本帖内容被屏蔽
2楼2012-01-09 10:48:42
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ferlich at 2012-01-09 10:48:42:
这个是没有错的，amber里面默认的组氨酸残基的标识就是HIE（就是说HIS=HIE），请看amber manul中关于残基标识的定义

但是当我用DS查看这个HIE的时候，HIE的结构少了一个氧啊。这是怎么回事儿呢？
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努力的生活着
3楼2012-01-09 15:25:00
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-09 18:25:04
wangyan10(金币+3): ★★★★★最佳答案, 谢谢 2012-03-12 15:21:50
本帖内容被屏蔽
4楼2012-01-09 16:32:43
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-09 18:25:16
本帖内容被屏蔽
5楼2012-01-09 16:36:05
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ferlich at 2012-01-09 16:36:05
如果你确定你的组氨酸上两个N均是质子化的，那么你要将HIS的残基名称手动改为HIP
ambe手册
Histidine, delta H HID（其中delta和epsilon分别指咪唑环上的两个N的名称）
Histidine, epsilon H HIE
Histidine, p ...

谢谢！你的回答给了我很大的帮助。
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6楼2014-07-28 15:35:00
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