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p452_1

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ifent at 2012-01-06 13:01:22:
...........直接修20轮就搞定了，如果还没搞定，看哪个原子在飘，固定就可以了

建议很好。如果是非氢原子在飘，请教使用什么指令固定呢？
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老歪博
11楼2012-01-29 08:26:55
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        295 A**3

这个问题是质疑你的结构具有295 A3的空的空间，这个空间应该被客体分子占据，却没有。如果你的结构模型正确无误，需要提供说明为什么会发生这种事情。比如虽然结构具有很大的空间，但是窗口很小，客体分子挤不进去那个空的地方。

PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ..       1.97 Ang.
PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ..       1.97 Ang.
其实这个D-H..H-X的距离在有氢键的情况下，并不是最坏。一般这个D-H..H-X的距离不应该小于1.80Ang。

PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H1     ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H15    ...          ?
这个问题说明O1没有形成氢键。通常情况下，一个稳定的结构模型，含有氢原子的客体分子通常会与附近的氧或者氮原子形成氢键。解决的办法是需要调整O1上的氢原子键长和方向（键角），使得O1（假如是水分子）上的2个氢原子能够形成稳定氢键。
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老歪博
12楼2012-01-29 18:15:18
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jidongzhang

金虫 (正式写手)
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........      pcf  里空间群
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13楼2012-07-16 20:15:34
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yuezhifang

金虫 (小有名气)
PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0317 Ang   ins里加damp 5000
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14楼2013-04-30 15:08:26
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