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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！
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amition

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！ 已有2人参与

本人新手  刚接触Dmol3不久  目前正在做吸附过渡态的搜索，有几个问题想请教大家：
1、对于吸附态轨迹文件的生成，我是把吸附前和吸附后的结构分别进行优化，然后分别做为反应物和生成物进行原子match，生成轨迹文件。但是我发现有一次有一种吸附结构居然不能生成轨迹文件 好像说反应物和生成物的晶体参数不一致。为什么会出现这种情况呢？还有我经常要手动进行一些原子match，正常吗？
2、对于轨迹文件进行过渡态的搜索后，出现错误
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
这个问题我在论坛上搜索过，挺多的 但是回答的大部分是反应物和生成物的结构不对 需要调整。可是我的反应物和生成物都是优化过的，应该是稳定的还怎么进行调整呢？？
3、关于反应物和生成物的优化，我好像看过有人说过渡态搜索时一些参数设置最好和优化时的一样，是这样吗？如果我对他们都用Castep进行优化，然后再到Dmol3进行TS搜索可以吗？如果想较容易的搜索出过渡态那么参数应该如何设置比较好呢？
最后还是关于这个问题
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls    :                 17
是不是在参数设置上有什么问题呢？
希望大家可以指点一下啊！~  不胜感激~~
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1楼 2011-12-12 11:49:51
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digghost

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by amition at 2012-09-29 15:17:07
我又有点糊涂了。过渡态不是通过反应物和生成物来确定的吗？ 我先优化了反应物，不优化生成物吗？ 直接生成过渡态？ 最后优化生成物？ 也就是说在进行过渡态搜索时生成物的结构还不是确定的？...

对于小分子可以这样做，因为并不涉及到与未参加反应的的原子的相互互作用，因此原子的弛豫时间非常短，但是对于固相来说，所需要的弛豫时间有可能是很大的，可能你的反应物都生成了，你系统还没弛豫完。因此在固相扩散中经常会出现，扩散激活能要大于tst给出的能量。对于你这种表面反应我也不太清楚，催化剂表面原子的弛豫时间，和你的反应速率常数是什么关系，你可以看看相关的催化动力学理论，或用分子动力学跑一下
赞一下 回复此楼
呵呵了
11楼2012-09-29 16:27:41
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查看全部 19 个回答

amition

木虫 (正式写手)
看了好多了~ 还是没明白~
对于过渡态搜索对反应物和生成物有什么具体要求呢？
赞一下 回复此楼
2楼2011-12-12 12:04:57
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amition

木虫 (正式写手)
期待有人能帮忙~~~~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-12-14 15:59:24
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amition

木虫 (正式写手)
我最近一次的过渡态搜索又失败了！~~ 这是生成的xcd图像 ，这个曲线是不是说我这个过程没有过渡态啊？？因为我看文献搜到过渡态都是有最高点的 像抛物线。。。。
错误还是
Unable to bracket maximum from both endpoints
Please check endpoints
Cumulative number of energy/gradient calls:     17
求大家指点~~~
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4楼2011-12-14 20:53:57
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