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nkwlzhang

木虫 (正式写手)

[求助] 求结构精修

不懂晶体结构解析，求虫友帮忙修正下面的错误啊！谢谢！

Alert level A
DIFF003_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_device_type is missing
            Diffractometer make and type. Replaces _diffrn_measurement_type.
DIFF005_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_method is missing
            Mode of intensity measurement and scan.
ABSMU01_ALERT_1_A  The ratio of given/expected absorption coefficient lies
               outside the range 0.90 <> 1.10
            Calculated value of mu =     9.326
            Value of mu given      =    12.312
PLAT051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .      24.25 Perc.
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as        geom     
PLAT079_ALERT_1_A No H-atoms, but _hydrogen_treatment reported as       mixed     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O2      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O3      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O22     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O24     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
DENSD01_ALERT_1_B  The ratio of the submitted crystal density and that
            calculated from the formula is outside the range 0.95 <> 1.05
            Crystal density given    =      5.207
            Calculated crystal density =      4.822
PLAT044_ALERT_1_B Calculated and Reported Dx Differ ..............          ?
PLAT046_ALERT_1_B Reported Z, MW and D(calc) are Inconsistent ....      4.822      
--------------------------------------------------------------------------------Alert level C
DIFMN02_ALERT_2_C  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*0.75
            _refine_diff_density_min given =     -4.137
            Test value =     -3.900
DIFMN03_ALERT_1_C  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*0.75
            The relevant atom site should be identified.
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
PLAT098_ALERT_2_C Large Reported Min.  (Negative) Residual Density      -4.14 eA-3
PLAT125_ALERT_4_C No '_symmetry_space_group_name_Hall' Given .....          ?
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   TE2    --  NA2     ..       3.56 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   MO3    --  NA2     ..       3.62 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  TE2     ..       3.56 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  MO3     ..       3.62 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  MO3     ..       3.62 Ang.
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    • 2011-12-03 20:22:34, 452.66 K

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1楼 2011-12-03 20:22:54
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lijunjie84

版主 (职业作家)

隐者

优秀版主

【答案】应助回帖

看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638
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2楼2011-12-03 20:47:54
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nkwlzhang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lijunjie84 at 2011-12-03 20:47:54:
看看这个http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638

我没学过精修。刚才试着装shelxtl，安装好几次都装不上。
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3楼2011-12-03 21:16:51
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lijunjie84

版主 (职业作家)

隐者

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by nkwlzhang at 2011-12-03 21:16:51:
我没学过精修。刚才试着装shelxtl，安装好几次都装不上。

是安装不上，还是装了没法用！安装不是要么原始文件有问题，要么你电脑有问题！没法用的话呢，你找人家安装好能用的，给你传下他安装好后的文件来覆盖你电脑里面那个文件！你帖子里面的东西，是很多东西没有改，没有填！这样处理下，很多错误就消掉了！一般没A类就能接受了！我现在不解结构了，所以没有装shelx了，爱莫能助了！
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4楼2011-12-03 21:23:55
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lijunjie84

版主 (职业作家)

隐者

优秀版主

【答案】应助回帖

自己找个cif模板对着改下
Alert level A
DIFF003_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_device_type is missing
            Diffractometer make and type. Replaces _diffrn_measurement_type.
cif中把设备型号填上
DIFF005_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_method is missing
            Mode of intensity measurement and scan.
cif中扫描的方法填上
ABSMU01_ALERT_1_A  The ratio of given/expected absorption coefficient lies
               outside the range 0.90 <> 1.10
            Calculated value of mu =     9.326
            Value of mu given      =    12.312
把这两改成一样的
PLAT051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .      24.25 Perc.
Mu误差太大，可能抄错了
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as        geom     
cif中这个后面把geom改成none
PLAT079_ALERT_1_A No H-atoms, but _hydrogen_treatment reported as       mixed     
cif中mixed改成none
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O2      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
这个是非正定义，不要精修各向异性或者ISOR下
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O3      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
同上
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O22     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
同上
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O24     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
同上，B类就不帮你改了！
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5楼2011-12-03 21:33:20
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nkwlzhang

木虫 (正式写手)
还有这些错误，怎么该呢？谢谢
Alert level A
DIFF003_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_device_type is missing
            Diffractometer make and type. Replaces _diffrn_measurement_type.
DIFF005_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_method is missing
            Mode of intensity measurement and scan.
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O2      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O3      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O22     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O24     is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
--------------------------------------------------------------------------------Alert level C
DIFMN02_ALERT_2_C  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*0.75
            _refine_diff_density_min given =     -4.137
            Test value =     -3.900
DIFMN03_ALERT_1_C  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*0.75
            The relevant atom site should be identified.
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
PLAT098_ALERT_2_C Large Reported Min.  (Negative) Residual Density      -4.14 eA-3
PLAT125_ALERT_4_C No '_symmetry_space_group_name_Hall' Given .....          ?
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   TE2    --  NA2     ..       3.56 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   MO3    --  NA2     ..       3.62 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  TE2     ..       3.56 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  MO3     ..       3.62 Ang.
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   NA2    --  MO3     ..       3.62 Ang.
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6楼2011-12-03 22:30:53
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nkwlzhang

木虫 (正式写手)
填上就行吧？
Alert level A
DIFF003_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_device_type is missing
            Diffractometer make and type. Replaces _diffrn_measurement_type.
DIFF005_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_method is missing
            Mode of intensity measurement and scan.
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7楼2011-12-03 22:31:45
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nkwlzhang

木虫 (正式写手)
PLAT051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .      24.25 Perc.
Mu误差太大，可能抄错了

请问“Mu”是什么？
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8楼2011-12-03 22:39:31
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wormma

木虫 (正式写手)

One for All, All for One

【答案】应助回帖

Mu 是linear absorption coefficient, 线性吸收系数。
这一提示是说你提供的mu和CIF计算的mu差了25%。可能的原因有两个：
1， 你提供的mu有误，可以去仔细检查一下。
2，CIF计算值有误，可能原因包括分子式错误或Z值错误。
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OneforAll,AllforOne
9楼2011-12-04 13:04:44
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nkwlzhang

木虫 (正式写手)
不会啊，只能找测试的老师去修改了。。。
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10楼2011-12-10 10:53:32
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