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ilovejim

银虫 (正式写手)

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[交流] PubMed检索小伎俩(转自一博客)

PubMed检索小伎俩
http://yong-li.spaces.live.com/blog/
转一篇自己的原创吧，原来是写在LifeScience版的，略作修改；像这种东东，向来的都是很少很难得的啊，俺们这些年真正原创的除了这个也就是一本毕业论文了，

【前言】
只是一些小小的tricky，自己平时看文献时候常用的一些方法，诸位都是同行，不当之处，当请一笑处之；若能有更好见解出现，权当我是抛砖引玉之

我的电脑平台：
WinXP sp2 en, firefox 1.5, 需要的firefox插件：PubMed search engine。

我将从我掌握的搜索语法开始，然后谈一些自己认为比较pro的search tricky，可以广泛的用于诸位同行的日常工作，学习，实验，哦，对了，还有陶瓷，嘿嘿

【正文】
如何找到pubmed？
www.ncbi.nlm.nih.gov，是在我刚刚上研究生的时候，从来从来都记不住的东东，碰到电脑重装，favourite没有了，我唯一能作的就是google，哦，错了错了，应该是“谷歌”了……
www.pubmed.gov
这两天上去查文章看见的，也不知道是什么时候生效的域名，不过想来以后不会再有人因为记不住ncbi的长长网址而没法检索文献了，呵呵。

PubMed检索语法：

通常我们需要了解的相关语法分为运算符和类别两大类。前者包括以下几种：与（AND），或（OR），双引号 " ，小括号()，中括号[]，需要注意的是，pubmed的检索中，所有的输入，默认转换为小写，你搜索cdna或者cDNA，得到的结果都是一样的。但是这样的语句，返回的结果是大大不同的，如下：
cdna and mrna 检索的是在all field中，同时出现三个检索目标cDNA, and, mRNA的文章
cdna AND mrna 检索的是在all field中，出现cDNA"和"mRNA两个目标的文章。
是的，我想说的是，
与，或运算符，也就是AND, OR必须永远大写才能起作用
我将在后面的类别中具体谈及all field和中括号[]的含义。

下面要说的是双引号和小括号，注意这里都是英文输入状态下的" ()而不是中文输入的双字节“”（）。
我们检索mouse embryo的时候，返回的结果并不是小鼠胚胎，而是在任意地方分别检索mouse和embryo，事实上，键入mouse embryo返回的结果等同与搜索
mouse AND embryo
如果我们想要搜索“小鼠胚胎”的话，我们需要双引号这里（注意是英文状态下的），如下
"mouse embryo"
关于小括号，我请大家看一个例子，也许研究ubiquitin pathway的同学会比较熟悉下面
("Skp1-cullin-F-box" OR "skp1-cullin F box"

AND ("embryo development"

SCF complex是泛素相关途径的一个很重要的complex，通常代表F的F box protein会简写成F-box或者F Box，因此一个关于SCF的没有遗漏的检索应该是OR的并集，同时包括了F-box和F box的两种写法，但是当OR，AND同时出现的时候，需要我们指定先后顺序，上面的例子中就是搜索胚胎发育相关的SCF途径所有的文献，这里就是小括号的作用，

关于类别，在检索网页的preview/index tab中可以找到，人为的将检索条件细化到很多类别，作者，出版时间，期刊，卷数，单位，MeSH(medical subject heading)等等。我主要说自己经常用到的：
mephisto[author]：检索pubmed中作者为mephisto的文章，呵呵, 简写为[au]
检索作者的时候按照姓, 名格式，最好只用姓，只能检索Nash, John或Nash，检索John Nash八成出错。
Gene[journal]: 检索GENE期刊简写为[ta]
25[volume]: 检索第二十五卷期刊，简写为[vi]
review[pt]: 检索Publication Type为综述的文章，简写？就是[pt]啦
2005[dp]: 检索2005年的发表的文献，可以写成如下2005/9[dp] 不用写多少日
或者是一个时间段的文章，如1999:2005/6[dp]
University of Pennsylvania[Affiliation]: 检索UPenn的作者发表的文章，简写为[ad]
ca101211[gr]: grant number的简写，检索课题经费号，如果是NIH grant的话，必须是八位的。
mouse[title]: 检索标题中有小鼠的，简写为[ti]
mouse[title/abstract]:同时检索标题、摘要中有小鼠的文献，简写为[tiab]
基本上我常用的就是这些了，欢迎大家补充。^___^

我们学习这一切的目的都是为了更加快速的找到我们想要的文献，自己根据需要，在search栏中直接写入一个语句，回车，boo, 文章出来了，呵呵；而不是一次次在pubmed的网页上preview, index, limit，……那样显得偶们忒不专业了不是？
我是这样做的，由于我用的web browser是firefox，通过添加的search engine，我在右上角的search bar里面，下拉选择pubmed, 然后直接输入
Li, Yong[au] AND (science[ta] OR cell[ta] OR nature[ta] OR development[ta]) AND 2006[dp]
回车，然后，哼哼

一篇paper都没出来，呵呵
(, 要是啥时候能每本期刊都出来个十篇八篇的，俺就满足了啊，奋斗的目标啊！！！！！！）

好了，最后说说重点，My NCBI & 陶瓷
起初，它叫做Cubby，一个很小的东东，其实那时候我也没用过，感觉很鸡肋的说，后来web进入了MY时代，MY MSN, MY yaho, MY google......
没错，NCBI也MY了一把的说，而且非常强大！
注册需要一个id，登陆密码，一个email地址，这样一来，每次检索完后，寄回search result的时候，不用每次再输入email地址了；但这只是一个很简单的功能，你可以save你的每次search result，同时设定更新，每天、每周、或每月，并选择是否将更新信息寄回信箱。
看到这里大家明白了吧，呵呵
locate每一位教授，在每一个领域，发表的每一篇文章，在他每一文章发表的第一天得知消息，email他，骚扰他，拍马他，陶瓷他，…………

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