| 查看: 8617 | 回复: 135 | |||||||||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价116次，作者~AWA~增加金币 91.4 个 | |||||||||||||||||||
[资源]
【资料】搞蛋白质的童鞋们，甭要只查NCBI了~蛋白质相关数据库启蒙~
|
|||||||||||||||||||
|
本来是带图的，可是弄过来就变成米图了，附件里面一个是PDF版、一个是WORD版均是带图的，童鞋们看带图的可能比较方便点哦~ 基于蛋白质序列的蛋白质相互作用位点预测（闲谈版） 这个不是论文不是论文啊~~这个是应某某的要求帮他找的，所以都是用现成的免费的网站数据库做的预测分析。无论文为依托，无原理为根据，纯粹就是流连各大网站作个的闲谈。 1、用这些网站先查查你要研究的蛋白质的底细。 这些网站的数据库大多数是实验或者一些相关文献报道的数据的组成。 ★String http://string.embl.de/ 输入你要搜寻的蛋白，它就把这个蛋白相关的数据反映给你，分confidence、evidence的数据可信度参考，同时还具有actions选项，反应它们之间可能是激活/抑制的关系。按按+、-号可以扩大缩小关联蛋白的数量范围。 往下拉一点点就是数据,哈哈，我们都要看数据吃饭啊~~ 分析的数据源自Neighborhood、Fusion、Occurrence、Coexpression、Experiments Database、Textminin及Homology，表示点得证明有数据，根据各项数据给出综合评分。评分越高相互存在关系可能性越高。点击下方各项图标等详细看到各项数据内容。 设条件确定筛选范围。 ★DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 跟上面的大同小异的功能，装上它附带的软件可能操作性会好一点，不过我米有试过哦。倒是跟它有链接的几个数据库都很强大，大家可以点击看看。 ★ BIND http://www.bind.ca 文献有介绍的网站，不过我不能理解为什么我注册就注不了……. 2、继续查，用这些网站将要研究的蛋白质的家庭背景，月收入也大起底。 这里的网站可能跟相互作用方面的关系不大，但是如果知道这些，可以对研究的蛋白有更深的了解。 ★PDB http://www.pdb.org/pdb/home/home.do 要查3D结构就往这里查~通常说的PDB号为文献号末4位。 ★PIR http://pir.georgetown.edu/pirwww/index.shtml 在蛋白质方面如NCBI般强大的网站，去上面晃荡下吧，会有收获滴。 ★KEGG http://www.genome.jp/kegg/ 粉强大的一个网站，我只说说它的KEGG PATHWAY子项，能迅速掌握一个蛋白质的功能通路，对于小白的偶们来说，很有用，有木有。 3、正题正题，做完上面那些后，接着就是纯预测的成分。也因为如此，要找着这些网站是很悲催的一件事。就算你找着了，你不懂语言，不懂算法，到底结果的可靠性怎样，见人见智。 需要PDB号作分析： promate http://bioinfo.weizmann.ac.il/promate/ ppisp http://pipe.scs.fsu.edu/ppisp.html InterProSurf http://curie.utmb.edu/prosurf.html eF-site http://ef-site.hgc.jp/eF-site/index.jsp 蛋白质序列直接作分析： sppider http://sppider.cchmc.org/ 选择第3个基于序列的分析，它会将分析结果E-mail给你。 赠送两个网站…… http://smart.embl-heidelberg.de/ http://prosite.expasy.org/ 参考文献 艾观华等，基于蛋白质序列预测蛋白质-蛋白质相互作用位点研究进展，药物生物技术2011, 18( 2) : 165~ 169 任仙文等，蛋白质相互作用的生物信息学研究进展，生物技术通讯2006，17.6.11 朱新宇等，预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法，生物技术通讯2004.15.1.1 http://en.wikibooks.org/wiki/Pro ... ractions/Jena_Links[ Last edited by silicare on 2012-10-31 at 18:56 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 基于蛋白质序列的蛋白质相互作用预测.pdf
- 附件 2 : 基于蛋白质序列的蛋白质相互作用预测.doc
2011-11-26 16:33:49, 2.05 M
2011-11-26 16:34:16, 3.59 M
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 蛋白质生物学实验经验 | 生物信息学 | 生物科学与技术 | 生物化学 |
| 实验、写作、杂七杂八 | 结构生物学 | 蛋白表达纯化鉴定精华 | 生物工程 |
| Enjoy my life！ | 新手上路指南 | 分子生物学酶工程 | 实验方法学 |
| 课题相关 | 蛋白组学 | 实验相关 | 科研资料 |
| 蛋白 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
leilaye» 猜你喜欢
11408总分309，一志愿东南大学求调剂，不挑专业
已经有6人回复
-
求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分
已经有8人回复
-
环境工程 085701，267求调剂
已经有7人回复
-
材料工程专硕求调剂
已经有8人回复
-
297求调剂
已经有3人回复
-
材料科学与工程求调剂
已经有7人回复
-
281求调剂
已经有7人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有8人回复
-
求收留
已经有6人回复
-
085600 295分求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- PDB蛋白数据库中的蛋白全吗？
已经有5人回复
- NCBI中SRA数据库相关求助
已经有3人回复
- （侯氏出品）图文讲解在NCBI搜索文献
已经有75人回复
- 有知道蛋白质数据库的帮帮小弟
已经有8人回复
- 现在需要将一个含有已知蛋白的菌给鉴定出来，写出两种方法
已经有4人回复
- 蛋白质相互作用？
已经有4人回复
- 我从NCBI上查的序列导出来之后是.gb文件，用什么打开呀？
已经有11人回复
- 利用数据库确定蛋白结构的新方法
已经有7人回复
- 镰刀霉或黑曲霉的分泌蛋白相关问题
已经有13人回复
- 【素材】生物权威网站NCBI使用教程
已经有382人回复
- 【请教】dimond相关数据
已经有11人回复
- 【求助/交流】怎么在怎么在ncbi网查蛋白质功能？
已经有4人回复
- 【其他】NCBI竟然上不去了
已经有5人回复
73楼2012-07-19 13:35:37
3楼2011-11-27 08:26:48
4楼2011-11-27 09:47:13
9楼2011-11-27 17:34:24
17楼2011-11-28 09:05:24
33楼2011-11-29 10:12:41
43楼2011-12-06 11:14:40
44楼2011-12-06 15:22:28
45楼2011-12-06 15:25:27
简单回复
2011-11-27 00:32
回复
五星好评 
2011-11-27 11:27
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2011-11-27 11:30
回复
顶一下，感谢分享！
灵响20107楼
2011-11-27 15:45
回复
五星好评 感谢分享
hayr8楼
2011-11-27 17:23
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
kspring10楼
2011-11-27 22:13
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
seyon11楼
2011-11-28 00:23
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
daweizhou12楼
2011-11-28 06:41
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
daweizhou13楼
2011-11-28 06:46
回复
顶一下，感谢分享！
liutingwu14楼
2011-11-28 07:53
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
haiven15楼
2011-11-28 08:50
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
JECY200816楼
2011-11-28 08:56
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
lyncool18楼
2011-11-28 09:41
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wanghuiyanyx19楼
2011-11-28 16:50
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
白云飞20楼
2011-11-28 18:06
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
白云飞21楼
2011-11-28 18:06
回复
顶一下，感谢分享！
xinnier22楼
2011-11-28 19:33
回复
五星好评 感谢分享！
yangzai200423楼
2011-11-28 19:59
回复
五星好评 感谢分享
感谢分享
yangming9824楼
2011-11-28 20:43
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
hwangsiuvian25楼
2011-11-28 22:42
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
hwangsiuvian26楼
2011-11-28 22:42
回复
顶一下，感谢分享！
tiantianup27楼
2011-11-29 01:29
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
lzxfil28楼
2011-11-29 07:28
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
smalltree29楼
2011-11-29 08:31
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
smalltree30楼
2011-11-29 08:31
回复
顶一下，感谢分享！
diliu.20131楼
2011-11-29 09:55
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
diliu.20132楼
2011-11-29 09:56
回复
顶一下，感谢分享！
跳跳鱼34楼
2011-11-29 10:58
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
跳跳鱼35楼
2011-11-29 10:59
回复
顶一下，感谢分享！
wangllv36楼
2011-11-29 12:15
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wangllv37楼
2011-11-29 12:18
回复
顶一下，感谢分享！
libaowei38楼
2011-11-29 14:03
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
lz723350439楼
2011-12-01 13:47
回复
三星好评 
hf201640楼
2011-12-01 14:59
回复
五星好评 
bestwolf_0141楼
2011-12-01 15:24
回复
三星好评 顶一下，感谢分享！
tssy7742楼
2011-12-01 22:17
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zhuyeqing0746楼
2011-12-06 20:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
oxiaoniu47楼
2012-02-18 21:41
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
huichenshen48楼
2012-02-19 09:55
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
todouhy49楼
2012-02-19 11:56
回复
五星好评 顶一下，感谢分享啊
茜茜茜茜50楼
2012-03-12 09:12
回复
五星好评
