9楼: Originally posted by smallake at 2011-11-23 08:35:55:
确定那个原子提供氢来形成氢键，比较复杂，需要把所有可能形成氢键的原子列出来。用指令envi 2 o1, 可以找到o1周围2埃范围内的所有原子。依次找已经确定有氢的氢键加氢。少的话，也可以把离得近的碳原子的氢当氢键

12楼: Originally posted by yytsnake at 2011-11-23 09:41:45:
有几个游离水啊？无序度大不大？

6楼: Originally posted by smallake at 2011-11-22 20:50:39:
先确定有原子提供氢键给这个氧原子，然后认为其他方向就是水分子中氢的位置。
例如，要给游离水o1上加两个氢，先确定有c1,c2上的氢原子为O1提供氢键。于是可以这样：
join o1 c1
join o1 c2
hadd 2 o1
这样o ...

15楼: Originally posted by smallake at 2011-11-23 14:29:04:
file 就可以了。join 只是临时将两个原子连接起来。