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goldenfisher金虫 (著名写手)
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Abinit在KGB并行的时候对NSCF计算的问题
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最近在学abinit的计算，由于计算体系的问题，必须对kpoint, gfft, nband进行并行，因此用了kparal_kgb=1选项。 首先，对scf的计算顺利完成，计算速度提高非常多。然后，scf之后对nscf的计算，也就是iscf=-2时候的计算就停了，提示说是mpi出了问题，搞了很久没搞清楚啥问题。这里贴出来，大家看看能否给些comment和提示： input: Dear users and developers, I am doing some parallel calculations on Tianhe platform recently, but there are always some problems when i tried to do the NSCF calculations. One example of the input file is following: #------------------------# # INPUT FILE FOR ABINIT # # Al - fcc - gamma # #------------------------# # # - Options for link #-------------------- ndtset 5 # # - Options for output #---------------------- enunit 2 prtvol 1 # # - Parameters governing the convergence #---------------------------------------- ecut 25. nband 40 occopt 3 tsmear 0.0002 # # - Options for the choice of calculations #----------------------------------------- ixc 1 nstep 30 # # SC run iscf1 3 toldfe1 1.d-10 nqpt1 0 prtden1 1 # # NSC run iscf2 -2 tolwfr2 1.0d-22 nqpt2 0 getden2 1 getwfk2 1 # # ddk response function iscf3 -3 tolwfr3 1.0d-22 nqpt3 1 qpt3 0.0d0 0.0d0 0.0d0 rfdir3 1 0 0 rfelfd3 2 getwfk3 2 # ddk response function iscf4 -3 tolwfr4 1.0d-22 nqpt4 1 qpt4 0.0d0 0.0d0 0.0d0 rfdir4 0 1 0 rfelfd4 2 getwfk4 2 # ddk response function iscf5 -3 tolwfr5 1.0d-22 nqpt5 1 qpt5 0.0d0 0.0d0 0.0d0 rfdir5 0 0 1 rfelfd5 2 getwfk5 2 # # - Definition of special k-points #---------------------------------- kptopt 0 nkpt 1 kpt 0.0 0.0 0.0 wtk 1.0 kptnrm 1 npkpt 1 npband 8 npfft 1 paral_kgb 1 # accesswff 0 # Only for testing purposes # # - Definition of the unit cell #-------------------------------- acell 3*7.6557 rprim 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 natom 1 ntypat 1 typat 1 znucl 13. xred 0.0 0.0 0.0 amu 26.98 # # - Symmetries of the lattice # nsym 1 # This line added when defaults were changed (v5.3) to keep the previous, old behaviour iscf 5 # add to conserve old < 6.7.2 behavior for calculating forces at each SCF step optforces 1 SCF完成过后，对NSCF的计算输出为： == DATASET 2 ================================================================== mkfilename : getwfk/=0, take file _WFK from output of DATASET 1. mkfilename : getden/=0, take file _DEN from output of DATASET 1. Exchange-correlation functional for the present dataset will be: LDA: new Teter (4/93) with spin-polarized option - ixc=1 Citation for XC functional: S. Goedecker, M. Teter, J. Huetter, PRB 54, 1703 (1996) Real(R)+Recip(G) space primitive vectors, cartesian coordinates (Bohr,Bohr^-1): R(1)= 0.0000000 3.8278500 3.8278500 G(1)= -0.1306216 0.1306216 0.1306216 R(2)= 3.8278500 0.0000000 3.8278500 G(2)= 0.1306216 -0.1306216 0.1306216 R(3)= 3.8278500 3.8278500 0.0000000 G(3)= 0.1306216 0.1306216 -0.1306216 Unit cell volume ucvol= 1.1217465E+02 bohr^3 Angles (23,13,12)= 6.00000000E+01 6.00000000E+01 6.00000000E+01 degrees getcut: wavevector= 0.0000 0.0000 0.0000 ngfft= 27 27 27 ecut(hartree)= 25.000 => boxcut(ratio)= 2.13703 -------------------------------------------------------------------------------- -inwffil : will read wavefunctions from disk file ./tmp/alo_DS1_WFK 到这里就停了。出现下列错误： error message: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 13) - process 7 |
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