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月下冰魂

木虫 (正式写手)

[求助] abinit软件安装(加50金币)

最近在paper上看到用软甲模拟硅/SiO2图形片界面硅的外延生长,模拟开始2-4层原子的沉积。感觉很有用,很想试一试。下来几个版本的abinit,就是安装不上,主要是对linux系统不熟悉,哪位能不能提供abinit软件,然后详细说明在linux上的详细安装步骤。主要是安装步骤哦。我的linux是小红帽3。
然后给出安装后的模拟的基本操作更好哦。要是安装上的,再加50金币哦。
   各位大神,前来帮忙哦。
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奋斗。。。
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heechao

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2012-04-05 10:26:15
月下冰魂: 金币+15, 有帮助 2012-04-09 08:24:50
1,如果使用gcc-4.1编译的openmpi, 后面abinit在make时会出现编译问题:
error: bad value (native) for -mtune= switch
所以重新安装gcc-4.5.0.


2 安装gcc-4.5.0之前要安装三个程序包,分别为:gmp-4.3.2,mpfr-2.4.2,mpc-0.8.1。按顺序安装到自己目录中,
$ ../configure --prefix="/home/zjma/program/gmp-4.3.2"
$../configure --prefix="/home/zjma/program/mpfr-2.4.2" --with-gmp="/home/zjma/program/gmp-4.3.2/"
$../configure --prefix="/home/zjma/program/mpc-0.8.1" --with-gmp="/home/zjma/program/gmp-4.3.2/" --with-mpfr="/home/zjma/program/mpfr-2.4.2/"


3 安装gcc-4.5.0
$ ../configure --prefix="/home/zjma/program/gcc-4.5.0" --with-gmp="/home/zjma/program/gmp-4.3.2/" --with-mpfr="/home/zjma/program/mpfr-2.4.2/" --with-mpc="/home/zjma/program/mpc-0.8.1/"
$ make
$ make install


4 使用gcc-4.5.0重新编译openmpi-1.4
$ ../configure FC="/home/zjma/program/gcc-4.5.0/bin/gfortran" CC="/home/zjma/program/gcc-4.5.0/bin/gcc" CXX="/home/zjma/program/gcc-4.5.0/bin/g++"  F77="/home/zjma/program/gcc-4.5.0/bin/gfortran" --prefix="/home/zjma/program/openmpi-1.4.2"
$ make
$ make install


5 下载abinit6.6.1的所有插件到~/.abinit/tarballs/下
地址:http://www.abinit.org/downloads/plug-in-sources


6 使用新编译的openmpi安装并行版abinit6.6.1
$ ../configure --prefix="/home/zjma/abinit-6.6.1" --with-mpi-prefix="/home/zjma/program/openmpi-1.4.2/" --enable-mpi="yes"  | tee 1
$ make
$ make install
2楼2012-04-05 09:11:11
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

楼上“zjma”亮了~

@mazuju028
3楼2012-04-05 10:27:33
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
4510198楼: Originally posted by fzx2008 at 2012-04-05 10:27:33:
楼上“zjma”亮了~

mazuju028

MJ处处都有啊~哈哈~
思想重于技巧,内涵重于表象
4楼2012-04-05 10:35:36
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