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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 金属配合物结构问题
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pengzhang1

银虫 (小有名气)

[求助] 金属配合物结构问题

我想对自己合成出来的一个晶体进行结构优化，由于本人不是做计算的，想请教各位大侠。gaussionview里画的结构可以是我解单晶解出来的结构吧？还是查阅文献找出对应过渡金属的配位模式再自己预测一个新的配位结构？对于晶体聚合物，应该算的是二聚体吧，还是金属配位模式就可以了？
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1楼 2011-11-01 14:27:32
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-11-02 10:10:56
pengzhang1(金币+5): 2011-11-02 19:55:42
可以根据单晶结构来画初始结构。聚合物的结构，一般用六聚体的的结构代替。其如果想模拟聚合物的性质，可以计算单体到六聚体的性质，然后进行拟合就行了（比如说HOMO，LUMO）。如果单体分子实在太多，计算量太大，只算到四聚体或五聚体。
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2楼2011-11-02 10:02:52
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小红豆(金币+2): 应助奖励 2011-11-07 13:55:35
我问个问题，聚合物怎么会有晶体呢，是不是寡聚物啊？如果是寡聚物，那么就直接当成单分子来算就行了。
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3楼2011-11-02 10:13:52
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pengzhang1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2011-11-02 10:13:52:
我问个问题，聚合物怎么会有晶体呢，是不是寡聚物啊？如果是寡聚物，那么就直接当成单分子来算就行了。

金属有机配合物里面我们都说是金属有机聚合物，具有重复单元，该领域好像没听过寡聚物啊？如果算五六聚体的话得有56百个原子，得算到什么时候啊？什么叫“直接当成单分子”？请赐教
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4楼2011-11-02 20:04:16
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
pengzhang1(金币+7): 2011-11-03 16:38:23
小红豆(金币+3): 应助奖励 2011-11-07 13:55:45
我是说聚合物不会有单晶，你说的单晶是不是单体的单晶？如果真是聚合物的话，就像我第一个回复说的，算到五六聚体，其实五六百个原子也不算太多，现在计算速度很快的，最多一个星期就能算好了，反正如果能算就算到六聚体。具体算的时候可以先用小基组（比如3-21g），得到优化结构后再用大基组（比如6-31g），这样相对快一点。
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5楼2011-11-03 10:09:19
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sunye
6楼2011-11-03 10:54:02
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pengzhang1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2011-11-03 10:09:19:
我是说聚合物不会有单晶，你说的单晶是不是单体的单晶？如果真是聚合物的话，就像我第一个回复说的，算到五六聚体，其实五六百个原子也不算太多，现在计算速度很快的，最多一个星期就能算好了，反正如果能算就算到 ...

这是我的金属有机配合物，polyhedron代表金属，它与丁基咪唑配位形成这种构型，您看该怎么计算？
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7楼2011-11-03 16:45:00
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
pengzhang1(金币+8): 2011-11-04 10:13:12
小红豆(金币+3): 应助奖励 2011-11-07 13:55:58
就像我前面说的聚合物最多算到六聚体，如果算不出来的话，就算到五聚体或四聚体，总之能算几个算几个。至于具体计算方法，可以先用半经验方法AM1优化，然后用DFT方法，非金属原子用3-21g（d），金属原子用ECP赝势基组，赝势基组可以选SDD或Lanl2DZ，如果是稀土的话，就只能用SDD。最后用之前的优化结构，仍用DFT方法，把基组加大到6-31g（d）（非金属原子）再优化一次。最后如果计算机允许的话，可以用更高的三收缩基基组来做单点能计算，不过这一步对不是专门做计算的文章来说，不是必需的。
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8楼2011-11-04 10:08:54
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pengzhang1

银虫 (小有名气)
非常感谢！我想算Co Ni Cu 三个配合物，金属都是正二价，那他们的自旋多重度是不是分别为2 1 2啊？如果不对的话是不是多重度还得往上加的4 3 4这样？
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9楼2011-11-04 10:17:55
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雨晨田木

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+5): 应助奖励 2011-11-07 13:56:12
是的，可以算一下不同多重度时的总能量，取能量最低的那一种多重度，最好再算一下6，5，6。Co Ni Cu 都是过渡金属第一行的元素，其实是可以不用赝势基组的，只要对所有原子都用6-311g（d，p）基组就行了。具体你可以看一下这篇文献：DFT-B3LYP, NPA-, and QTAIM-Based Study of the Physical Properties of [M(II)(H2O)2(15-crown-5)] (M = Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn) Complexes （dx.doi.org/10.1021/jp2001157）。还要注意一个BSSE的问题，不然审稿人可能会提意见，也可以参考那篇文献。
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10楼2011-11-07 10:42:55
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