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请问高通量测序中深度和覆盖度是什么意思？ 已有11人参与
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| 大家好，请问高通量测序中深度（depth）以及覆盖度（coverage）是什么意思，二者有什么区别？ |
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11楼2012-07-23 13:01:40
gaoyang636
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2楼2011-10-31 08:40:26
holyala
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砖家
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
adslye(金币+2): 鼓励交流，祝顺利！ 2011-11-01 09:48:21
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
adslye(金币+2): 鼓励交流，祝顺利！ 2011-11-01 09:48:21
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depth嘛，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有最大和最小值，这个都可以由信息分析得到。 coverage就好理解了，由于大片段拼接的gap、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到。 至于什么算法之类的，太深了，应该不用了解吧~~偶也写不出来。。。  当然，转录组也同上。 [ Last edited by holyala on 2011-10-31 at 21:51 ] |
3楼2011-10-31 21:49:24
adslye
银虫 (正式写手)
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4楼2011-11-01 09:47:23