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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请问高通量测序中深度和覆盖度是什么意思？
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永不后悔2838

铁虫 (小有名气)

[交流] 请问高通量测序中深度和覆盖度是什么意思？ 已有11人参与

大家好，请问高通量测序中深度（depth）以及覆盖度（coverage）是什么意思，二者有什么区别？
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时间是贼，偷走一切……
1楼 2011-10-30 16:32:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

holyala

木虫 (著名写手)

砖家
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
adslye(金币+2): 鼓励交流，祝顺利！ 2011-11-01 09:48:21
depth嘛，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有最大和最小值，这个都可以由信息分析得到。
coverage就好理解了，由于大片段拼接的gap、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到。
至于什么算法之类的，太深了，应该不用了解吧~~偶也写不出来。。。
当然，转录组也同上。

[ Last edited by holyala on 2011-10-31 at 21:51 ]
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3楼2011-10-31 21:49:24
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
adslye(金币+2): 鼓励交流~祝顺利！ 2011-11-01 09:47:40
测序深度是指测序得到的碱基数与待测基因/转录组大小的比值；
而覆盖度原来是指基因/转录组上测序测到的部分占整个组的比例，但是现在很多人把coverage也直接当depth用了，仅仅是了解一下的话，没必要深究～～
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2楼2011-10-31 08:40:26
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普通回帖

adslye

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
百度上有，查了下。
评贴时没看懂楼上二位的。
其实发现是一样的：
深度即：测序得到的总碱基数/基因组碱基数 。也可以理解为将基因组测了几遍。
测序深度能减少假阳性和测序错误率。
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4楼2011-11-01 09:47:23
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永不后悔2838

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2011-10-31 08:40:26:
测序深度是指测序得到的碱基数与待测基因/转录组大小的比值；
而覆盖度原来是指基因/转录组上测序测到的部分占整个组的比例，但是现在很多人把coverage也直接当depth用了，仅仅是了解一下的话，没必要深究～～

谢谢回复，很清晰~
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时间是贼，偷走一切……
5楼2011-11-01 16:42:47
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小鬼123

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
终于有所了解了哈
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小小鬼
6楼2012-01-04 15:33:26
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z-w-p

新虫 (初入文坛)
学习了
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7楼2012-02-16 10:13:52
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sxj61506

金虫 (初入文坛)
学习啦！
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8楼2012-02-16 13:16:34
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jjxcz
9楼2012-02-16 16:51:03
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xq0712105025
10楼2012-07-04 14:10:38
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