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个人总结有关MS的各种问题(第一季)
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目录 一 如何构建水体系,有机溶剂体系 2 问题1:MS的Amorphous cell使用出问题 2 问题2:怎么在MS中建立一个64水的盒子 4 问题3:MS中如何选择体系中的水分子 5 问题4:MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立 5 问题5:模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题 6 二:结构优化 6 问题1:MS中forcite模块与discover模块中的结构优化有什么区别? 6 问题2:在MS中用哪个模块进行优化结构 6 问题3:用分子模拟吸附剂的吸附过程 7 问题4:MS中切面几何优化和原子之间的配位 8 问题5:如何在Dmol3模块中实现定向优化 9 问题6:MS 能量最小化出错 9 二:力场选择 10 三:吸附模拟 10 问题1:MS中sorption模块的MC计算 10 问题2:主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化? 12 问题3:晶体表面吸附的选择性方向弛豫 13 四:模块使用 13 问题1:CASTEP 输出有几点看不懂 13 问题2:那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围?(分子模拟论坛) 14 问题3:CASTEP能算pdos的自旋情况吗 15 问题4:在用CASTEP计算材料空位缺陷时,如何才能实现只取一个空位 15 问题5:在CASTEP计算中,k point设置不同,对计算结果有什么影响? 15 问题6:CASTEP中几何优化问题 16 问题7:MS castep的几个empty band问题 16 问题8:如何在CASTEP中实现电荷密度图示 20 问题9:能带计算(系列) 20 问题10:Dmol3计算动力学无法收敛 22 问题11:如何在Discover计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型 23 问题12:如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向 23 问题13:如何使用DMol3进行动力学计算? 28 问题14:如何在Dmol3中考虑溶剂化效应 30 五:软件安装 31 问题1:安装步骤(windows 版) 31 问题2:license 问题 32 问题3:gataway 问题 32 六:综合 34 问题1:建模 34 问题2:价态 38 问题3:停电处理 39 问题4:求电导 40 问题5:切平面时如何切出矩形平面 40 问题6:如何使用XRD数据快速建立相关的晶体结构 40 |
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