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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 再往前，走向哪里？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 再往前，走向哪里？ 已有9人参与

计算模拟版改版之后，我就向区内若干虫友约稿了。收到我约稿通知的虫子可注意了，不经过一两年，我是不会放弃的。还是乖乖发帖投稿吧，期待看到你们码出来的文字！从我自己开始吧，希望是个好的开始。

我觉得，改版后的计算模拟版最大的亮点，就是【寂寞随想】栏目。想想看，成天对着满屏黑白字段还能想得天花乱坠的虫子，真的就是木头吗？他们的脑瓜里，到底存在什么样的世界呢？

学计算的虫子，一路走来，大多都有许多“凄惨”的故事。每天提交任务，调整参数，分析结果，似乎是没完没了的循环。满怀欣喜的投入计算模拟的世界，希望从此步入胜景，踏入通向真理的光辉大道。

菜鸟到入门的阶段总是烦恼伴着兴奋，每天都会有些收获。这些里程碑你跨过了几个？MS终于在linux系统上装上了；VASP编译终于成功了；参照文献的计算结果终于跟文献相符了；结构优化，总能计算，态密度计算，NEB计算，CNEB计算，dimer计算，频率计算，bader,xcrysden,ELF, PARCHG,vesta,  putty, lev00……一路走过来，好像也不没有那么困难。

那么，接着怎么办？换不同的体系重复这些计算过程和分析手段？软件学会了，参数弄清楚了，那什么才是科研呢？猜测一些事情，然后做出模型来，用不同的软件算些稀奇古怪的性质。我们似乎又陷入了平凡乏味的生活，一切好像都不那么吸引人，结果似乎都可以预见。我算不出来的，实验也不见得揭示的清楚。我算得出来的，似乎也不需要太关心。

什么是科研？做计算模拟的虫子，当你玩转程序了，也看清楚了别人的源代码了，你的人生还有什么意义呢？还需要做什么？再开发一次别人写过的程序，或者用自己的程序实现别人实现过的功能，或者自己修修补补，提高一下计算速度或者精度？你的，让你自己激动不已的，可以让自己安心的贡献在哪里？

计算模拟的虫子，下一站，走向哪里？

[ Last edited by cenwanglai on 2011-10-26 at 00:41 ]
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1楼 2011-10-25 23:08:05
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jq120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+2): 谢谢回复！ 2011-10-26 00:46:16
楼上，我觉得这就是一工具。
STM的结果你信吗？为什么？
X射线的结果你信吗?为什么？
……
我会相信这些东西，因为他们有那么多的理论依据，有那么多的旁证。
同样，我也相信计算的结果。因为他们也有那么多的理论依据和佐证。
我不觉得做计算的主要工作就是调整参数，主要工作还是模拟——不过是用计算机模拟。我也不觉得做计算的就只能使用计算机，谁规定木匠不许使瓦刀？
我觉得根本还是科研，感兴趣的话什么工具都可以用，不过计算机熟悉一下罢了。
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2楼2011-10-26 00:20:56
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by jq120 at 2011-10-26 00:20:56:
楼上，我觉得这就是一工具。
STM的结果你信吗？为什么？
X射线的结果你信吗?为什么？
……
我会相信这些东西，因为他们有那么多的理论依据，有那么多的旁证。
同样，我也相信计算的结果。因为他们也有那么多 ...

学习到了一个阶段，需要回过头来再看看，想想。

谢谢你的回复！期待你的分享.
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3楼2011-10-26 00:45:53
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臭水沟

荣誉版主 (知名作家)

化工小生
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+2): 长篇大论的灌水，就来这里吧！ 2011-10-26 09:50:24
区长同志，把我们版也搞个寂寞区，我们版寂寞的同志太多太多了~~

要不然一会就有同志到专业贴灌水，想灌水又要被罚款。。。

唉。。。
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好好生活，勤奋科研！个人博客：http://blog.sina.com.cn/seais1314
4楼2011-10-26 09:22:13
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GLPengXMC

银虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-10-25 23:08:05:
计算模拟版改版之后，我就向区内若干虫友约稿了。收到我约稿通知的虫子可注意了，不经过一两年，我是不会放弃的。还是乖乖发帖投稿吧，期待看到你们码出来的文字！从我自己开始吧，希望是个好的开始。

我觉得， ...

楼主已经达到了很高的境界，令人羡慕！
我是新手，刚学vasp、MS，还是菜鸟级的水平，以后请您多指点呀，也让我快点地进步。
另外，您在帖子中提到：
bader,xcrysden,ELF, PARCHG,vesta,  putty, lev00……
这些都是一些软件，对吗？
其中，一些我已经下到了（例如，最新的 VESTA 3.0.1正式版全系列；xcrysden）。
其它的：
bader, ELF, PARCHG,  putty, lev00……
哪里可以下呀？
您能把网址告诉我吗？
或者，麻烦您把它们，Windows版或者Linux版，发到我的邮箱：zzjjyy1@sohu.com，我的这个邮箱容量很大，可以接收很大的附件。
我先谢谢您啦！

[ Last edited by GLPengXMC on 2011-10-28 at 15:29 ]
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5楼2011-10-28 15:03:29
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gingko8293

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+2): 你是说：作出想要的科研来？ 2011-10-28 17:07:59
其实像你们这种做模拟的，再做点试验的话，相结合说不定可以做出自己想要的软件来。
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6楼2011-10-28 16:38:44
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by GLPengXMC at 2011-10-28 15:03:29:
楼主已经达到了很高的境界，令人羡慕！
我是新手，刚学vasp、MS，还是菜鸟级的水平，以后请您多指点呀，也让我快点地进步。
另外，您在帖子中提到：
bader,xcrysden,ELF, PARCHG,vesta,  putty, lev00… ...

百度一下或者google一下就知道了。

bader, parchg,ELF是vasp带的性质计算功能，在INCAR里面设置一下就好了。

lev00是跟vesta一样的免费vasp电荷密度相关文件的处理程序，linux下运行。

bader计算需要去http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/下载代码，按照网页上的说明重新编译vasp就可以了。
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7楼2011-10-28 17:07:22
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tuhaidan

银虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
7楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-10-28 17:07:22:
百度一下或者google一下就知道了。

bader, parchg,ELF是vasp带的性质计算功能，在INCAR里面设置一下就好了。

lev00是跟vesta一样的免费vasp电荷密度相关文件的处理程序，linux下运行。

bader计算需要去 ...

你好，我的vasp  安装遇见问题了，有点小崩溃，可以帮帮我吗？
vasp5.2   串行   
CPU： intel P4 2-core

thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$ which icc
/opt/intel/composerxe-2011.4.191/bin/ia32/icc
thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$ which ifort
/opt/intel/Compiler/11.1/075/bin/ia32/ifort
thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$

thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$ icc -v
Version 12.0.4
thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$ ifort -v
Version 11.1
thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$
  
vasp5.2makfile：
FC=ifort
BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/075/mkl/lib/32  -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core  -lguide -lpthread
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o
其他的没有改动
  make：
。。。。。
chi.o: In function `xi_mp_set_gw_from_algo_.':
chi.f90.text+0x13539): undefined reference to `strip_'
chi.f90.text+0x13540): undefined reference to `lower_'
chi.f90.text+0x13547): undefined reference to `length_'
make: *** [vasp] Error 1
  
请问这是什么原因啊？   真的很需要帮助！！谢谢你了
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8楼2011-11-03 18:45:16
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
8楼: Originally posted by tuhaidan at 2011-11-03 18:45:16:
你好，我的vasp  安装遇见问题了，有点小崩溃，可以帮帮我吗？
vasp5.2   串行   
CPU： intel P4 2-core

thd@ubuntu:~/installed/vasp.5.2$ which icc
/opt/intel/composerxe-2011.4.191/bin/ia32/icc
t ...

请到第一性原理求助。那边有更多人讨论这个。
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9楼2011-11-03 19:33:42
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 欢迎来这里分享~ 2011-11-09 14:35:29
引用回帖:
2楼: Originally posted by jq120 at 2011-10-26 00:20:56:
楼上，我觉得这就是一工具。
STM的结果你信吗？为什么？
X射线的结果你信吗?为什么？
……
我会相信这些东西，因为他们有那么多的理论依据，有那么多的旁证。
同样，我也相信计算的结果。因为他们也有那么多 ...

说的真好，赞一个
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10楼2011-11-09 13:13:43
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