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zhnxcf

[交流] 请教各位高手一个关于酶的问题!

各位高手:
      我初做实验,遇到一个棘手又困惑的问题。
      我想研究胶原酶 Collagenase 的活性,需要寻找能够被Collagenase切断的肽底物。看过文献后发现同是Collagenase的底物,氨基酸的序列却大相径庭,例如
    RGDC-------- J. AM. CHEM. SOC. 2006, 128, 10378-10379
    GGLGPAGGCG------Biochemical and Biophysical Research Communications    334 (2005) 1317–1321
   Dnp-Pro-Cha-Gly-Cys(Me)-His-Ala-Lys(NMa)-NH2------Peptides International's Catalog
                                             ------之上均是可以被Collagenase切断的肽底物

    我真是困惑了。

    Collagenase 的切断位点到底是什么?是不是有一个底物设计的原则可以遵循呢?

          谢谢你们的帮助!
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ilovejim

银虫 (正式写手)

研究胶原酶 Collagenase 的活性

★ ★
dfggc(金币+2):3x
我不清楚胶原酶 Collagenase 作用于底物是切断哪些氨基酸残基?很多蛋白酶水解底物时与底物的氨基酸序列相关性不是十分的大,如胰凝乳蛋白酶特异性地切断有芳香侧链的氨基酸位点,而与底物序列无关.类似的还有胃蛋白酶...
      许多酶不是作用特异的底物,而作用于特异的氨基酸残基.
      不知道你理解没有.因为蛋白质有二级,三级结构.(一级指氨基酸残基的序列排布,二级,三级指三维构象-----绕来绕去,呵呵有一定的规律.还有四级结构)
     我由化学刚转入生物半年,学的不好.
爱生活,然后---爱科学
2楼2006-12-15 18:12:11
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zhnxcf

有点明白了,呵呵

谢谢你
      我是纯学化学的,导师倾向于生化的课题,苦了我生物基本知识匮乏,一切晕晕乎乎的。
      你说得让我有些明白了,也许胶原酶并不是特异性识别氨基酸序列吧,那么它识别怎样的氨基酸呢,类似这样的知识,如果我想搞清楚的话,有什么样的文献或书藉可以参考吗?推荐一下可以吗?
3楼2006-12-15 21:52:37
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ilovejim

银虫 (正式写手)

北大王镜岩的那本<生物化学>关于蛋白质和酶部分就足够了吧,我没详细看过这本书,不过挺全

  不过你还是要看一些关于胶原酶 Collagenase生物学作用的文献(比如细胞内的功能作用方式),详细的从生物学的角度了解一下,而不知识从物理化学角度和动力学角度.
爱生活,然后---爱科学
4楼2006-12-15 22:05:45
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zhnxcf

继续

The collagenases mainly cleave interstitial collagens (type I, II and III), unlike other MMPs, their substrate specificity is well defined. Collagenase action on the α2-macroglobulin results in the cleavage of Gly-Leu Peptide bond[5].They cleave the Gly-Ile peptide bond of α1(I) chain of collagen and Gly-Leu peptide bond of α2(I) chain of collagen[5]. The substrate cleavage pattern for collagenases is that P1 residue is invariably hydrophobic (Leu, Ile, Val) and that P1 is usually Gly or a hydrophobic residue[5,16].

------------这是我查到的一段关于之上问题的知识,我的理解是:只要设计含有Gly-Leu 的氨基酸序列这段序列就会被胶原酶切断,例如  GGLC,AGLC--------
不知我的理解对吗,谢谢你的进一步回复!
5楼2006-12-17 15:30:11
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