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[交流] 各位大侠，帮忙看看小弟的nwchem为啥编译不出已有1人参与

各位大侠帮忙看看：
我用的编译器是ifort,icc 系统是 rhel5.4-x86-64
bashrc下挂的是ifort icc impi mkl。
采用的nwchem-6.0，额外安装了gotoblas-1.13&lapack-3.31，均没在bashrc下挂，两者安装生成的*.a,*.so均拷贝到/usr/lib64
之前编译siesta和abinit都过了，但是编译nwchem就趴了。
export TCGRSH=/usr/bin/ssh
export LARGE_FILES=TRUE
export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=524111744"
export NWCHEM_TOP=/home/Admin/nwchem-6.0
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
export NWCHEM_MODULES=all
export USE_MPI=y
#export USE_MPIF=n
export HAS_BLAS=yes
export BLASOPT="-L/usr/lib64 -llapack -lgoto2"

# Intel MPI
export MPI_LOC=/software/intel/impi/3.2.1.009
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib64
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include64
export LIBMPI="-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi"

make realclean
make nwchem_config
make FC=ifort CC=icc >& make.log
以上是仿照我们老师的脚本写的configure.sh
之后出现了如下错误：
makelog的最后两行出现了：

/home/Admin/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64/nwchem: hidden symbol `__svml_log2' in /software/intel/Compiler/11.1/038/lib/intel64/libsvml.a(svml_stub_dln2.o) is referenced by DSO
ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
make: *** [all] 错误 1

额外检查前面的内容出现warning:
warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode.
make CC=icc FC=ifort clean
make[2]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode.
for dir in ma global tcgmsg-mpi LinAlg/lapack+blas tcgmsg armci/src pario; do make CC=icc FC=ifort -C $dir clean || exit 1 ; done
make[3]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode.
/bin/rm -f *.o *.p *core *stamp *trace *.x *events* *.x *.o
/bin/rm -rf ./obj *.obj *.exe
if [ -f ../lib/LINUX64/libma.a ]
这样一些类似的错误。我把make改成了txt.各位大侠麻烦看看这是啥毛病。
小弟在此谢过。

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1楼2011-10-15 16:56:15

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make.log看看发上去没

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2楼2011-10-15 16:58:07

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wuy069

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引用回帖:

1楼: Originally posted by 卡开发发 at 2011-10-15 16:56:15:
各位大侠帮忙看看：
我用的编译器是ifort,icc 系统是 rhel5.4-x86-64
bashrc下挂的是ifort icc impi mkl。
采用的nwchem-6.0，额外安装了gotoblas-1.13&lapack-3.31，均没在bashrc下挂，两者安装生成的*.a ...

你好像没有刷新mkl吧，所以加载库时出问题了；
下面是我根据coolrainbow专家在网上写的博客以及网上的一些资料改编的脚本（用ifort,icc,impi,mkl编译)：
#!/bin/csh

# Author: wuy

# This script is used for compiling NWChem

# Basic configuration
# WARNING￡oModify the memsize for your own machine￡¡￡¡￡¡

setenv LARGE_FILES TRUE
setenv LIB_DEFINES -DDFLT_TOT_MEM=260609088

# Remote communication
# If you do not use MPICH, comment them, else modify the MPI_LOC for your machine

setenv USE_MPI y
setenv USE_MPIF y
setenv MPI_LOC /opt/intel/impi/4.0.0.027
setenv MPI_LIB $MPI_LOC/lib64
setenv MPI_INCLUDE $MPI_LOC/include64
setenv LIBMPI "-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi"

# Code tree

setenv NWCHEM_TOP /share/apps/nwchem/intel/nwchem-6.0

# Platform

setenv NWCHEM_TARGET LINUX64

# Python configuration
# If you do not use PYTHON, comment them.

#setenv PYTHONHOME /usr
#setenv PYTHONVERSION 2.4

# Blas configuration
# This is related to your own machine. Here I have used MKL Blas. If you do not have any own Blas, comment all

setenv MKLLIB /opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t
setenv MKLINC /opt/intel/mkl/10.2.5.035/include
setenv BLASOPT "-L${MKLLIB} -lguide -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_sequential -lsvml"

# What will be compiled

setenv NWCHEM_MODULES "all"

# Starting...
# Set your own complier

setenv FC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifort
setenv CC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/icc
setenv FOPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops -multiple-processes=8 -unroll-aggressive"
setenv COPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops"

make FC=ifort CC=icc

把上面的脚本写在compile_nwchem.sh里(根据你自己系统的环境自己再改改），把compile_nwchem.sh放进要编译程序目录的src文件夹里
chmod 750 compile_nwchem.sh
./compile_nwchem.sh &> make.log &

希望对你有用！

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3楼2011-10-18 08:54:33

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