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各位大侠，帮忙看看小弟的nwchem为啥编译不出已有1人参与
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各位大侠帮忙看看： 我用的编译器是ifort,icc 系统是 rhel5.4-x86-64 bashrc下挂的是ifort icc impi mkl。 采用的nwchem-6.0，额外安装了gotoblas-1.13&lapack-3.31，均没在bashrc下挂，两者安装生成的*.a,*.so均拷贝到/usr/lib64 之前编译siesta和abinit都过了，但是编译nwchem就趴了。 export TCGRSH=/usr/bin/ssh export LARGE_FILES=TRUE export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=524111744" export NWCHEM_TOP=/home/Admin/nwchem-6.0 export NWCHEM_TARGET=LINUX64 export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64 export NWCHEM_MODULES=all export USE_MPI=y #export USE_MPIF=n export HAS_BLAS=yes export BLASOPT="-L/usr/lib64 -llapack -lgoto2" # Intel MPI export MPI_LOC=/software/intel/impi/3.2.1.009 export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib64 export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include64 export LIBMPI="-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi" make realclean make nwchem_config make FC=ifort CC=icc >& make.log 以上是仿照我们老师的脚本写的configure.sh 之后出现了如下错误： makelog的最后两行出现了： /home/Admin/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64/nwchem: hidden symbol `__svml_log2' in /software/intel/Compiler/11.1/038/lib/intel64/libsvml.a(svml_stub_dln2.o) is referenced by DSO ld: final link failed: Nonrepresentable section on output make: *** [all] 错误 1 额外检查前面的内容出现warning: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. make CC=icc FC=ifort clean make[2]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. for dir in ma global tcgmsg-mpi LinAlg/lapack+blas tcgmsg armci/src pario; do make CC=icc FC=ifort -C $dir clean || exit 1 ; done make[3]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. /bin/rm -f *.o *.p *core *stamp *trace *.x *events* *.x *.o /bin/rm -rf ./obj *.obj *.exe if [ -f ../lib/LINUX64/libma.a ] 这样一些类似的错误。我把make改成了txt.各位大侠麻烦看看这是啥毛病。 小弟在此谢过。 |
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你好像没有刷新mkl吧，所以加载库时出问题了； 下面是我根据coolrainbow专家在网上写的博客以及网上的一些资料改编的脚本（用ifort,icc,impi,mkl编译)： #!/bin/csh # Author: wuy # This script is used for compiling NWChem # Basic configuration # WARNING￡oModify the memsize for your own machine￡¡￡¡￡¡ setenv LARGE_FILES TRUE setenv LIB_DEFINES -DDFLT_TOT_MEM=260609088 # Remote communication # If you do not use MPICH, comment them, else modify the MPI_LOC for your machine setenv USE_MPI y setenv USE_MPIF y setenv MPI_LOC /opt/intel/impi/4.0.0.027 setenv MPI_LIB $MPI_LOC/lib64 setenv MPI_INCLUDE $MPI_LOC/include64 setenv LIBMPI "-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi" # Code tree setenv NWCHEM_TOP /share/apps/nwchem/intel/nwchem-6.0 # Platform setenv NWCHEM_TARGET LINUX64 # Python configuration # If you do not use PYTHON, comment them. #setenv PYTHONHOME /usr #setenv PYTHONVERSION 2.4 # Blas configuration # This is related to your own machine. Here I have used MKL Blas. If you do not have any own Blas, comment all setenv MKLLIB /opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t setenv MKLINC /opt/intel/mkl/10.2.5.035/include setenv BLASOPT "-L${MKLLIB} -lguide -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_sequential -lsvml" # What will be compiled setenv NWCHEM_MODULES "all" # Starting... # Set your own complier setenv FC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifort setenv CC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/icc setenv FOPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops -multiple-processes=8 -unroll-aggressive" setenv COPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops" make FC=ifort CC=icc 把上面的脚本写在compile_nwchem.sh里(根据你自己系统的环境自己再改改），把compile_nwchem.sh放进要编译程序目录的src文件夹里 chmod 750 compile_nwchem.sh ./compile_nwchem.sh &> make.log & 希望对你有用！ |
3楼2011-10-18 08:54:33