| 查看: 1888 | 回复: 5 | ||||
lsc84铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
ORCA计算得到gbw文件后，怎么作自旋密度图？
|
|
大家好！ 我用ORCA计算得到了gbw文件，现在需要用molekel4.3作自旋密度图。如果使用orca_plot MyGBWFile.gbw -i命令只能作分子轨道图，没有其他的备选项了。如果在计算的输入文件中输入 %plots Format Cube MO("abc.cube",4,0) ; end 可以正常计算，并可以得到一个分子轨道的Gaussian_cube文件。 相应地在输入文件中输入 %plots Format Gaussian_Cube SpinDens(“Cu2-SpinDens”) ; end 出现的结果是 Done building standard basis LEAVING ORCA 小弟尝试了很多次，也不能正常计算。 请高手帮忙看看是怎么回事？ 非常感谢！ 如果采用简便输入orca_plot gbw-file plot-inputfile，plot-inputfile文件该怎么编写，我按说明书上的%plots关键字输入也不行。期待高手的解答！非常感谢！ 我想要作的自旋密度图如图所示：  |
回复此楼» 本帖@通知
» 猜你喜欢
高效微纳米储能材料与产业化推进实验室 苏州 招收硕士研究生（含调剂）
已经有0人回复
-
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有116人回复
-
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂生
已经有20人回复
-
河南农业大学，化学学硕，三轮调剂
已经有1人回复
-
招材料相关专业调剂生
已经有12人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】关于BOC保护胺基的反应后处理问题！！！
已经有10人回复
- VASP计算论文一篇（含response，支持信息和正文修改痕迹）(校稿已经上传)
已经有48人回复
- 各位做碳纳米管的朋友们，你们觉得这个方向怎么样？文章好发么
已经有28人回复
- 异丁酰氯和缬氨酸反应得到羧酸（产物1），如何将产物1的羧基再酰氯化？
已经有6人回复
- origin计算曲线面积-表面轮廓数据处理
已经有12人回复
- 计算旋转能垒用势能面扫描之后还用找过渡态吗？我是新手，希望大家给与帮助。[/font]
已经有3人回复
- CASTEP几何优化，进行了analysis的带结构和态密度分析，那么我应从哪获得结论信息？？
已经有13人回复
- Materials studio 计算单点能
已经有9人回复
- fluent中的体热源加载问题（实际上是热流密度，不是热生成率）
已经有19人回复
- 【文献学习】Li,Na掺杂ZnO空穴的杂化密度泛函计算(PRB，2009)
已经有21人回复
- 关于自旋向上和向下态密度画在一起 origin怎么作图
已经有5人回复
- 【求助】怪事！自旋极化计算得到的态密度图Spin up和Spin down完全一样
已经有4人回复
- 【求助】请教使用orca计算出的这个自旋密度图是怎么画的？
已经有5人回复
- 【求助】怎样用高斯计算自旋密度
已经有15人回复
- 【求助】自旋密度图
已经有8人回复
lsc84
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6285.5
- 散金: 511
- 红花: 5
- 帖子: 2970
- 在线: 386小时
- 虫号: 646907
- 注册: 2008-11-05
- 性别: GG
- 专业: 物理无机化学
2楼2011-10-01 10:02:18
lsc84
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6285.5
- 散金: 511
- 红花: 5
- 帖子: 2970
- 在线: 386小时
- 虫号: 646907
- 注册: 2008-11-05
- 性别: GG
- 专业: 物理无机化学
3楼2011-10-01 10:03:20
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +458 - QC强帖: 12
- 应助: 88 (初中生)
- 金币: 13088.2
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4673
- 在线: 927.3小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng(金币+4): 谢谢应助，今后注意点应助回帖哦。应楼主要求奖励5金币。1个税收 2011-10-02 00:32:32
ben_ladeng(金币+4): 节日应助，奖励加倍。专家考核存档 2011-10-02 00:33:11
ben_ladeng(金币+4): 谢谢应助，今后注意点应助回帖哦。应楼主要求奖励5金币。1个税收 2011-10-02 00:32:32
ben_ladeng(金币+4): 节日应助，奖励加倍。专家考核存档 2011-10-02 00:33:11
|
原则上，可以先产生molden格式的文件，然后用gabedit打开，显示自旋密度。 但是，orca的molden文件有些问题，基组部分的收缩因子都乘上了的高斯指数，对这个bug作者坚决不改，不知道目的是什么。个人认为还是应该改为正常的基组。从https://bse.pnl.gov/bse/portal 找到gaussian格式的基组，复制到molden文件，并做适当的排版。 |
4楼2011-10-01 22:53:32
lsc84
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6285.5
- 散金: 511
- 红花: 5
- 帖子: 2970
- 在线: 386小时
- 虫号: 646907
- 注册: 2008-11-05
- 性别: GG
- 专业: 物理无机化学
★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng(金币-5): 扣除5个金币奖励。您只需要发放15个金币。剩余的5个可以请斑竹退还。谢谢理解 2011-10-02 00:35:08
ben_ladeng(金币-5): 扣除5个金币奖励。您只需要发放15个金币。剩余的5个可以请斑竹退还。谢谢理解 2011-10-02 00:35:08
|
beefly ，您好！ 我采用这种方法可以做出自旋密度图，首先在命令提示符下输入orca_2mkl gbw file name -mkl，先创建或生成一个.mkl文件，再用molekel4.3打开，先计算spin density,然后再更改cutoff的数值，这样也可以得到自旋密度图。 但是，这种方法得到的自旋密度图，在前期处理时不能控制格点的数目，做出来的图很粗糙。如果计算时采用自定义基组或从Frank Neese的文献支持信息里得到的镧系元素基组计算时，采用这种方法作自旋密度图时，出现错误为：can't read basis-set.从而使计算spin density那一步不能进行，得不到自旋密度图。 我想能否在input file里输入%plots 控制格点数目，使得到的图好一点。 非常感谢您的关注！同时也感谢大家关注此帖！  |
5楼2011-10-02 00:04:12
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +458 - QC强帖: 12
- 应助: 88 (初中生)
- 金币: 13088.2
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4673
- 在线: 927.3小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
lsc84(金币+8): 3Q 2011-10-02 13:14:35
小红豆(金币+5): 谢谢 2011-10-02 14:32:48
lsc84(金币+4): 3q 2011-10-05 09:27:08
lsc84(金币+8): 3Q 2011-10-02 13:14:35
小红豆(金币+5): 谢谢 2011-10-02 14:32:48
lsc84(金币+4): 3q 2011-10-05 09:27:08
|
还有一个办法 1. 下一个molden2aim最新版本(2.0)， http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1683682 2. orca生成molden文件。在文件里加入一行： [Program] Orca 然后用molden2aim转化为wfn格式 3. 用multiwfn打开生成的wfn文件，显示自旋密度 |
6楼2011-10-02 10:31:48
5