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lsc84铁杆木虫 (著名写手)
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ORCA计算得到gbw文件后，怎么作自旋密度图？
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大家好！ 我用ORCA计算得到了gbw文件，现在需要用molekel4.3作自旋密度图。如果使用orca_plot MyGBWFile.gbw -i命令只能作分子轨道图，没有其他的备选项了。如果在计算的输入文件中输入 %plots Format Cube MO("abc.cube",4,0) ; end 可以正常计算，并可以得到一个分子轨道的Gaussian_cube文件。 相应地在输入文件中输入 %plots Format Gaussian_Cube SpinDens(“Cu2-SpinDens”) ; end 出现的结果是 Done building standard basis LEAVING ORCA 小弟尝试了很多次，也不能正常计算。 请高手帮忙看看是怎么回事？ 非常感谢！ 如果采用简便输入orca_plot gbw-file plot-inputfile，plot-inputfile文件该怎么编写，我按说明书上的%plots关键字输入也不行。期待高手的解答！非常感谢！ 我想要作的自旋密度图如图所示：  |
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lsc84
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2楼2011-10-01 10:02:18
lsc84
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beefly
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原则上，可以先产生molden格式的文件，然后用gabedit打开，显示自旋密度。 但是，orca的molden文件有些问题，基组部分的收缩因子都乘上了的高斯指数，对这个bug作者坚决不改，不知道目的是什么。个人认为还是应该改为正常的基组。从https://bse.pnl.gov/bse/portal 找到gaussian格式的基组，复制到molden文件，并做适当的排版。 |
4楼2011-10-01 22:53:32
lsc84
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beefly ，您好！ 我采用这种方法可以做出自旋密度图，首先在命令提示符下输入orca_2mkl gbw file name -mkl，先创建或生成一个.mkl文件，再用molekel4.3打开，先计算spin density,然后再更改cutoff的数值，这样也可以得到自旋密度图。 但是，这种方法得到的自旋密度图，在前期处理时不能控制格点的数目，做出来的图很粗糙。如果计算时采用自定义基组或从Frank Neese的文献支持信息里得到的镧系元素基组计算时，采用这种方法作自旋密度图时，出现错误为：can't read basis-set.从而使计算spin density那一步不能进行，得不到自旋密度图。 我想能否在input file里输入%plots 控制格点数目，使得到的图好一点。 非常感谢您的关注！同时也感谢大家关注此帖！  |
5楼2011-10-02 00:04:12
beefly
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还有一个办法 1. 下一个molden2aim最新版本(2.0)， http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1683682 2. orca生成molden文件。在文件里加入一行： [Program] Orca 然后用molden2aim转化为wfn格式 3. 用multiwfn打开生成的wfn文件，显示自旋密度 |
6楼2011-10-02 10:31:48
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