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shuzhen

新虫 (小有名气)

[求助] MVD求助

不知道哪位大神有没有MVD的简易的操作说明啊。最近在用MVD做分子对接,第一次接触这个软件,之前有用过sybyl,但是用MVD遇到了一些问题想不明白:
1 MVD可以输出多个pose,也就是代表多个结合方式,那岂不是就随便想要哪个结合方式都可以吗?记得sybyl就只有一个输出结果。
2 sybyl中是先对小分子进行优化,能量最低化之后的构象就固定了,但是MVD中对小分子的制备中没有能量最小化这个吧,而且在与受体结合的时候小分子的构象是可以变化的,所以可以得到很多结合方式,在选择时是按照rerank score的大小来确定那个中结合方式更好吗?
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