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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 晶体中配体分子结构很不合理
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helitrope

新虫 (小有名气)

[交流] 晶体中配体分子结构很不合理 已有1人参与

大家好，我有一个蛋白-配体体系，这个蛋白中含有15个叶绿素分子，但是晶体中这些叶绿素分子的结构不是很合理，但是我的研究重点又不是叶绿素分子，在计算中我只想利用叶绿素分子的疏水性质，因为我猜测叶绿素分子和另一个重要的配体的疏水相互作用非常重要（对我要研究配体的激发态的能量）。
请问各位，遇到这种情况应该怎样处理才好，我曾经试着用UFF力场处理过叶绿素分子，可是最后的构型变得非常地不合理。我也试着用半经验的量子化学方法处理，比如PM3，MNDO以及AM1，结果发现PM3和mndo处理地比较准确。但是晶体复合物中有15个叶绿素分子，用半经验的量子化学方法并不能对每个叶绿素分子都有效，比如有些叶绿素分子能够很好地收敛，但是另一些分子却总是出错，另一些直接不能收敛。
请问各位，遇到这种情况应该怎么办？
请指教，谢谢。
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zhou2009

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1楼 2011-09-19 09:20:03
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helitrope

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-09-19 10:53:52:
建议简化你的体系，只抓与配体直接相关的叶绿素分子，如二体叶绿素与配体。

你的问题可问虫友：zhi.guo@asu.edu
他的工作与你相类！
[ Last edited by zhou2009 on 2011-9-19 at 10:56 ]

恩，呵呵，非常感谢您的回复！
我就是在简化的体系上做的计算，我目前把体系简化到一个配体和三个叶绿素分子，但是仅仅这三个叶绿素分子也存在很大问题。这三个叶绿素分子只有一个可以在PM3条件下收敛，其他两个都不能够收敛。
呵呵，非常谢谢您，我会联系您给我介绍的那位前辈！
呵呵
a thousand thanks
Best wishes
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3楼2011-09-19 19:34:26
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
gmy1990(金币+2): 2011-09-19 13:33:50
建议简化你的体系，只抓与配体直接相关的叶绿素分子，如二体叶绿素与配体。

你的问题可问虫友：zhi.guo@asu.edu
他的工作与你相类！

[ Last edited by zhou2009 on 2011-9-19 at 10:56 ]
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2楼2011-09-19 10:53:52
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