| 查看: 284 | 回复: 2 | |||
[交流]
晶体中配体分子结构很不合理 已有1人参与
|
|
大家好，我有一个蛋白-配体体系，这个蛋白中含有15个叶绿素分子，但是晶体中这些叶绿素分子的结构不是很合理，但是我的研究重点又不是叶绿素分子，在计算中我只想利用叶绿素分子的疏水性质，因为我猜测叶绿素分子和另一个重要的配体的疏水相互作用非常重要（对我要研究配体的激发态的能量）。 请问各位，遇到这种情况应该怎样处理才好，我曾经试着用UFF力场处理过叶绿素分子，可是最后的构型变得非常地不合理。我也试着用半经验的量子化学方法处理，比如PM3，MNDO以及AM1，结果发现PM3和mndo处理地比较准确。但是晶体复合物中有15个叶绿素分子，用半经验的量子化学方法并不能对每个叶绿素分子都有效，比如有些叶绿素分子能够很好地收敛，但是另一些分子却总是出错，另一些直接不能收敛。 请问各位，遇到这种情况应该怎么办？ 请指教，谢谢。 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
北京工业大学材料科学与工程学院《院士团队》招收工程专业博士研究生（计算优先）
已经有1人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有149人回复
-
帮导师招2026CSC博士（巴塞罗那自治大学UAB-CSC博士项目）
已经有25人回复
-
有没有LIMS客户的资源，求推荐
已经有0人回复
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
已经有21人回复
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
已经有20人回复
-
深圳理工大学招聘AI4Science与分子模拟方向科研人员
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
gmy1990(金币+2): 2011-09-19 13:33:50
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵gmy1990(金币+2): 2011-09-19 13:33:50
|
建议简化你的体系，只抓与配体直接相关的叶绿素分子，如二体叶绿素与配体。 你的问题可问虫友：zhi.guo@asu.edu 他的工作与你相类！ [ Last edited by zhou2009 on 2011-9-19 at 10:56 ] |
2楼2011-09-19 10:53:52
3楼2011-09-19 19:34:26