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microliu

木虫 (正式写手)

[交流] (求助)进化树分析

利用clustral X做完进化树后,不知道两个菌株之间的数字是什么意思?谁知道说一下,谢谢
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zjbest000

银虫 (小有名气)

最笨的方法,


dfggc(金币+1):送你一块糖
1、        相关典型菌种及genebank编号的检索
http://rdp.cme.msu.edu
→sequence march→粘入序列→点击strain:type→submit→点击show printer friendly results →复制结果→上ncbi搜索并拷贝16SrDNA序列。
2、16SrDNA序列编辑与树状图制作
打开bioedit 软件→File中选New Alignment →粘入菌种代码→sequence type 中选中DNA→从word中复制并用ctrl+V粘入序列→点击Application and close →全选序列名称→accessory Application中选clustalw multiple alignment →点击run clustalw 进行比对→OK→保存图标中保存剪切前序列→mode 中选中edit→选中要剪切的序列→删除→保存剪切后序列(在File中save as保存)→开始,程序中打开MEGA3软件→点击click me to activate a date file →文件类型选All file →选中剪切后→打开→出现error#对话框→点击OK→选utiltiles,点击covert to mega format→OK→OK→关闭窗口→关闭→OK→保存→点击click me to activate a date file →文件类型选mage file →选中剪切后→打开→OK→Yes→OK→关闭窗口→选中phylogeny 选construct phylogeny点击neighbor joining →选中test of phylogeny →选bootstrap 设定参数1000(在replication中)→点“√”→点击compute→出现树状图→点image→点击copy to clipboard →打开word→粘入树状图→回到上一个窗口→选中file点击show information →点击general →选中并复制树状图的说明→粘入word→完成。
8楼2006-11-28 17:15:43
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johnsooh

荣誉版主 (正式写手)

此用户来自小木虫总部信号不好

解答

各枝间的bootstrapping(常见100次或1000次)
分叉间数值表示在100或1000次成蔟中该簇出现的频率

[ Last edited by johnsooh on 2006-11-27 at 13:13 ]
___▂▂▃▄▅▆▇█无信号︻╋████?
2楼2006-11-27 13:05:36
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microliu

木虫 (正式写手)

临近菌种的同源性用软件怎么计算,请帮忙解释一下,谢谢!
我用clustalx做的进化树
3楼2006-11-27 16:14:16
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zhaohui-eric

木虫 (著名写手)

可到以下网站查找更好软件

4楼2006-11-27 19:06:55
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