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microliu木虫 (正式写手)
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| 利用clustral X做完进化树后,不知道两个菌株之间的数字是什么意思?谁知道说一下,谢谢 |
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zjbest000
银虫 (小有名气)
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- 专业: 病原细菌与放线菌生物学
最笨的方法，
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dfggc(金币+1):送你一块糖
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1、 相关典型菌种及genebank编号的检索 http://rdp.cme.msu.edu →sequence march→粘入序列→点击strain:type→submit→点击show printer friendly results →复制结果→上ncbi搜索并拷贝16SrDNA序列。 2、16SrDNA序列编辑与树状图制作 打开bioedit 软件→File中选New Alignment →粘入菌种代码→sequence type 中选中DNA→从word中复制并用ctrl+V粘入序列→点击Application and close →全选序列名称→accessory Application中选clustalw multiple alignment →点击run clustalw 进行比对→OK→保存图标中保存剪切前序列→mode 中选中edit→选中要剪切的序列→删除→保存剪切后序列（在File中save as保存）→开始，程序中打开MEGA3软件→点击click me to activate a date file →文件类型选All file →选中剪切后→打开→出现error#对话框→点击OK→选utiltiles,点击covert to mega format→OK→OK→关闭窗口→关闭→OK→保存→点击click me to activate a date file →文件类型选mage file →选中剪切后→打开→OK→Yes→OK→关闭窗口→选中phylogeny 选construct phylogeny点击neighbor joining →选中test of phylogeny →选bootstrap 设定参数1000（在replication中）→点“√”→点击compute→出现树状图→点image→点击copy to clipboard →打开word→粘入树状图→回到上一个窗口→选中file点击show information →点击general →选中并复制树状图的说明→粘入word→完成。 |
8楼2006-11-28 17:15:43
johnsooh
荣誉版主 (正式写手)
此用户来自小木虫总部信号不好
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2楼2006-11-27 13:05:36
microliu
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3楼2006-11-27 16:14:16
zhaohui-eric
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4楼2006-11-27 19:06:55
20