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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)

[求助] 序列比对

知道一段基因序列,如何在ncbi上比对在什么物种上存在这段序列。我现在知道一段序列,想知道在小鼠,或兔子上是否有这段序列,想进行一下比对,各位大虾有什么方法,给我介绍一下,谢谢!

[ Last edited by 1949stone on 2011-9-9 at 13:00 ]
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心,是用来使用的,不能搁浅!
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

wanhscn: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome 2011-09-09 11:31:10
XI4ZHL(金币+2): 2011-09-09 12:39:33
1949stone(MolEPI+1): 够细致 2011-09-09 13:01:07
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/上这个网址
点网页左上角有个BLAST
网页出来后,再点nucleotide blast
网页再打开后,把你的序列拷贝到那个空白对话框里
选择下面的 Mouse genomic + transcript
点网页最左下角BLAST,
等待结果出来即可。
3楼2011-09-09 11:07:47
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瓶儿花

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


wanhscn(金币+1): 正确! 2011-09-09 16:08:22
NCBI上Blast比对就好了,下面会列表出来跟你基因片段相似性的菌种的。
2楼2011-09-09 11:03:41
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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)

wanhscn: 已评! 2011-09-09 16:08:49
谢谢两位,我回了,只能评价一个,要不就都给你们评了,不好意思了,谢谢你们的帮助!
心,是用来使用的,不能搁浅!
4楼2011-09-09 12:40:28
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

我感觉直接到UCSC网站去blat更加方便,在这种情况下。
总有一天我要修改用户名。
5楼2012-02-22 16:14:20
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